Package: ssake (4.0-3)

[ Source: ssake  ]

applicazione genomica per assemblare milioni di cortissime sequenze di DNA

SSAKE (Short Sequence Assembly by K-mer search and 3′ read Extension, assemblaggio di sequenze corte con ricerca di K-meri ed estensione per lettura 3') è un'applicazione genomica per assemblare in modo aggressivo milioni di corte sequenze di nucleotidi cercando progressivamente k-meri all'estremità 3' perfetti usando un albero di prefissi di DNA. SSAKE è progettato per aiutare a sfruttare le informazioni provenienti dalla lettura di corte sequenze riunendole in maniera stringente in frammenti continui che possono essere usati per caratterizzare innovativi target di sequenziamento.

Tags: Field: Biology, Implemented in: Perl, implemented-in::python, interface::commandline, User Interface: Command Shell, Role: role::program, scope::utility, Purpose: Analysing

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• sug: ssake-examples

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