Paket: kalign (1:3.4.0-1 und andere)

[ Quellcode: kalign  ]

Globales und fortschreitendes multiples Sequenzalignment

Das Befehlszeilenwerkzeug Kalign gleicht mehrere biologische Sequenzen ab. Für die Erhöhung von Präzision und Geschwindigkeit nutzt es den Muth-Manber-Algorithmus, der in großen Datenmengen sich wiederholende Muster ermittelt. Das Programm verwendet einen globalen, fortschreitenden Alignment-Ansatz, ergänzt durch den Einsatz eines annähernden Musterabgleich-Algorithmus zur Berechnung von Sequenzabständen und durch die Einbeziehung lokaler Übereinstimmungen in ein ansonsten globales Alignment.

Markierungen: Biologie: Clustal/ALN, Proteine, Feld: field::biology, field::biology:bioinformatics, Implementiert in: implemented-in::c, interface::commandline, Rolle: Programm, Zweck: Hilfswerkzeug, Zweck: use::comparing, works-with-format::plaintext, Arbeitet mit: Benötige eine zusätzliche Markierung

Andere Pakete mit Bezug zu kalign

• dep: libc6 (>= 2.34) [nicht alpha, ia64, sh4]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  Unterstützungsbibliothek für GCC OpenMP (GOMP)

• enh: bioperl-run

  BioPerl-Hüllen: Skripte

• enh: t-coffee

  Multiple Sequence Alignment

kalign herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
alpha (inoffizielle Portierung)	1:3.4.0-1+b1	85,7 kB	409,0 kB	[Liste der Dateien]
amd64	1:3.4.0-1+b2	134,6 kB	1.127,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	1:3.4.0-1+b2	86,9 kB	407,0 kB	[Liste der Dateien]
armel	1:3.4.0-1+b2	79,3 kB	405,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	1:3.4.0-1+b2	76,2 kB	277,0 kB	[Liste der Dateien]
hppa (inoffizielle Portierung)	1:3.4.0-1+b2	83,4 kB	324,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	1:3.4.0-1+b2	88,7 kB	341,0 kB	[Liste der Dateien]
ia64 (inoffizielle Portierung)	1:3.4.0-1	105,1 kB	557,0 kB	[Liste der Dateien]
m68k (inoffizielle Portierung)	1:3.4.0-1+b2	80,6 kB	293,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	1:3.4.0-1+b2	84,1 kB	421,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64 (inoffizielle Portierung)	1:3.4.0-1+b2	92,3 kB	471,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	1:3.4.0-1+b2	100,0 kB	471,0 kB	[Liste der Dateien]
riscv64	1:3.4.0-1+b2	88,3 kB	287,0 kB	[Liste der Dateien]
s390x	1:3.4.0-1+b2	96,5 kB	371,0 kB	[Liste der Dateien]
sh4 (inoffizielle Portierung)	1:3.4.0-1+b2	88,8 kB	277,0 kB	[Liste der Dateien]
sparc64 (inoffizielle Portierung)	1:3.4.0-1+b2	75,2 kB	2.138,0 kB	[Liste der Dateien]
x32 (inoffizielle Portierung)	1:3.4.0-1+b2	90,2 kB	329,0 kB	[Liste der Dateien]