Paket: abyss (2.2.5+dfsg-1)

[ Quellcode: abyss  ]

Paralleler De-novo-Sequenzassembler für »short reads«

ABySS ist ein paralleler De-novo-Sequenzassembler, der für short reads ausgelegt ist. Er kann verwendet werden, um Genom- oder Transkriptomsequenzdaten zusammenzustellen. Die Parallelisierung erfolgt über MPI, OpenMP und pthread.

Markierungen: Feld: Biologie, Implementiert in: C, Benutzer-Schnittstellen: Kommandozeile, Rolle: Programm

Andere Pakete mit Bezug zu abyss

• dep: bsdextrautils

  Zusätzliche Dienstprogramme von 4.4BSD-Lite

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, s390x]

  GCC Support-Bibliothek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  Unterstützungsbibliothek für GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libopenmpi3 (>= 4.0.5)

  Leistungsstarke Message-Passing-Bibliothek - Laufzeitbibliotheken

• dep: libsqlite3-0 (>= 3.5.9)

  Laufzeit-Bibliothek für SQLite 3

• dep: libstdc++6 (>= 5.2) [armel, armhf]

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

  dep: libstdc++6 (>= 9) [nicht armel, armhf]

• dep: make

  Werkzeug zur Steuerung der Kompilierung

• dep: openmpi-bin

  Leistungsstarke Message-Passing-Bibliothek - Programmdateien

• dep: openmpi-common

  Leistungsstarke Message-Passing-Bibliothek - gemeinsame Dateien

• dep: perl

  Larry Wall's Practical Extraction und Report Language

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Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
amd64	2.939,3 kB	9.045,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	2.764,0 kB	8.373,0 kB	[Liste der Dateien]
armel	2.752,4 kB	8.369,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	2.798,8 kB	6.741,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	3.029,7 kB	9.589,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	2.868,5 kB	10.460,0 kB	[Liste der Dateien]
mipsel	2.897,2 kB	10.313,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	2.895,8 kB	11.637,0 kB	[Liste der Dateien]
s390x	2.755,5 kB	9.053,0 kB	[Liste der Dateien]