Package: ncbi-blast+ (2.16.0+ds-6 and others)

[ Source: ncbi-blast+  ]

Næste generation programpakke for BLAST-sekvens søgeværktøjer

Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) er det mest udbredte sekvenssammenligningsværktøj. Der er versioner af BLAST som sammenligner proteinforespørgsler med proteindatabaser, nukleotide forespørgsler med nukleotide databaser samt versioner som oversætter nukleotide forepørgsler eller databaser i alle seks rammer og sammenligner med proteindatabaser eller forespørgsler. PSI-BLAST fremstiller en position-specifik-bedømmelse-matrix (PSSM) der starter med en proteinforespørgsel, og bruger så PSSM til at udføre yderligere søgninger. Det er også muligt at sammenligne en protein- eller nukleotidforespørgsel med en database med PSSM'er. NCBI'en understøtter en BLAST-hjemmeside på blast.ncbi-nlm.nih.gov samt en netværkstjeneste.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c++, interface::commandline, Role: Program, Purpose: use::analysing, works-with::biological-sequence

Other Packages Related to ncbi-blast+

• dep: libatomic1 (>= 4.8) [armel, m68k, sh4]

  Understøttelsesbibliotek der tilbyder __atomic indbyggede funktioner

• dep: libbz2-1.0

  højkvalitets bloksorteringsfilpakningsbibliotek - kørselstid

• dep: libc6 (>= 2.38) [not alpha, ia64, sh4]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [s390x]

  GCC støttebibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, amd64, x32]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64, ppc64, ppc64el, sh4]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.3) [sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64, mips64el, riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC støttebibliotek

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC støttebibliotek

• dep: libgomp1 (>= 6)

  GCC OpenMP-understøttelsesbibliotek (GOMP)

• dep: liblmdb0 (>= 0.9.7)

  Lightning Memory-Mapped Database - delt bibliotek

• dep: libmbedcrypto16 (>= 3.6.0) [not alpha, arm64, ia64]

  Simpelt crypto- og SSL/TLS-bibliotek - crypto-bibliotek

• dep: libmbedcrypto7t64 (>= 2.28.0) [alpha, arm64, ia64]

  Simpelt crypto- og SSL/TLS-bibliotek - crypto-bibliotek

• dep: libmbedtls14t64 (>= 2.28.0) [alpha, arm64, ia64]

  Simpelt crypto- og SSL/TLS-bibliotek - tls-bibliotek

• dep: libmbedtls21 (>= 3.6.0) [not alpha, arm64, ia64]

  Simpelt crypto- og SSL/TLS-bibliotek - tls-bibliotek

• dep: libmbedx509-1t64 (>= 2.28.0) [arm64]

  Simpelt crypto- og SSL/TLS-bibliotek - x509-certifikatbibliotek

• dep: libmbedx509-7 (>= 3.6.0) [not alpha, arm64, ia64]

  Simpelt crypto- og SSL/TLS-bibliotek - x509-certifikatbibliotek

• dep: libnghttp2-14 (>= 1.28.0) [not alpha, ia64]

  Bibliotek der implementerer HTTP/2-protokollen - delt bibliotek

• dep: libpcre2-8-0 (>= 10.22) [not alpha, ia64]

  Nyt Perl Compatible Regular Expression Library- 8-bit kørselstidsfiler

• dep: libsqlite3-0 (>= 3.6.12) [not alpha, ia64]

  Delt bibliotek til SQLite 3

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [alpha, ia64, m68k]

  GNU Standard C++ bibliotek v3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [not alpha, ia64, m68k]

• dep: libunwind8 [ia64]

  Bibliotek til at bestemme call-chain for et program - kørselstid

• dep: libuv1 (>= 1.33.1) [ppc64, sparc64, x32]

  Asynkront hændelsespåmindelsesbibliotek - kørselstidsbibliotek

• dep: libuv1t64 (>= 1.33.1) [not alpha, ia64, ppc64, sparc64, x32]

  Asynkront hændelsespåmindelsesbibliotek - kørselstidsbibliotek

• dep: ncbi-data

  Platformsuafhængige data for NCBI-værktøjssættet

• dep: perl

  Larry Walls praktiske uddragnings- og rapportsprog (Perl)

• dep: python3

  Interaktivt objektorienteret højniveausprog - standardversion af Python 3

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.11.dfsg)

  Komprimeringsbibliotek - kørselstid

• enh: t-coffee

  Flersekvensjustering

Download ncbi-blast+

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	2.12.0+ds-4+b1	11,414.4 kB	59,755.0 kB	[list of files]
amd64	2.16.0+ds-6+b1	14,885.0 kB	66,761.0 kB	[list of files]
arm64	2.16.0+ds-6	13,513.5 kB	69,253.0 kB	[list of files]
armel	2.16.0+ds-6+b1	12,804.2 kB	57,042.0 kB	[list of files]
armhf	2.16.0+ds-6+b1	13,063.5 kB	46,863.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	2.16.0+ds-6+b1	14,763.6 kB	70,272.0 kB	[list of files]
i386	2.16.0+ds-6+b1	16,211.9 kB	68,311.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	2.12.0+ds-4+b1	13,417.0 kB	85,192.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	2.16.0+ds-6+b1	14,155.7 kB	61,829.0 kB	[list of files]
mips64el	2.16.0+ds-6+b1	11,177.5 kB	86,558.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	2.16.0+ds-6+b1	14,677.8 kB	86,214.0 kB	[list of files]
ppc64el	2.16.0+ds-6+b1	14,624.6 kB	79,174.0 kB	[list of files]
riscv64	2.16.0+ds-6+b1	14,360.2 kB	56,113.0 kB	[list of files]
s390x	2.16.0+ds-6+b1	14,165.3 kB	66,145.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	2.16.0+ds-6+b1	25,738.4 kB	176,611.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	2.16.0+ds-6+b1	12,238.6 kB	149,916.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	2.16.0+ds-6+b1	14,955.6 kB	60,947.0 kB	[list of files]