Package: ariba (2.14.7+ds-7 and others)

[ Source: ariba  ]

Antibiotic Resistance Identification By Assembly

ARIBA er et værktøj til at identificere antibiotikaresistensgener ved at køre lokale forsamlinger. Inddata er en FASTA-fil med referencegener og parrede sekventeringslæsninger. ARIBA rapporterer hvilke af referencegenerne der blev fundet samt detaljerede oplysninger om kvaliteten af forsamlingerne og eventuelle varianter mellem sekventeringslæsningerne og referencegenerne.

Tags: Biology: Nucleic Acids, Field: Biology, field::biology:bioinformatics, implemented-in::python, User Interface: Command Line, Role: role::program, scope::application, Purpose: Analysing

Other Packages Related to ariba

• dep: bowtie2 [not m68k]

  Ultrahurtig og hukommelseseffektiv short read-sammenligner

  dep: bowtie2 (>= 2.1.0) [m68k]

• dep: cd-hit

  Programpakke designet til hurtigt at gruppere sekvenser

• dep: fastaq [not m68k]

  Manipuleringsværktøjer til FASTA- og FASTQ-filer

  dep: fastaq (>= 3.12.0) [m68k]

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

  dep: libc6 (>= 2.4) [m68k, mips64el]

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64]

• dep: libc6.1 (>= 2.1.3) [alpha]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

• dep: libfml0 (>= 0.1) [not m68k]

  Bibliotek til at samle Illumina-korte læsninger i små regioner

  dep: libfml0 (>= 0.1-4~) [m68k]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not m68k]

  GCC støttebibliotek

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC støttebibliotek

• dep: libminimap0 (>= 0.2)

  library for approximate mapping of long biosequences

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [not m68k]

  GNU Standard C++ bibliotek v3

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [m68k]

• dep: mash

  Hurtig genom- og metagenomafstandsestimering via MinHash

• dep: mummer

  Effektiv sekvensjustering for hele genomer

• dep: python3

  Interaktivt objektorienteret højniveausprog - standardversion af Python 3

  dep: python3 (<< 3.11) [m68k]

  dep: python3 (<< 3.13) [alpha]

  dep: python3 (<< 3.14) [not alpha, m68k]

  dep: python3 (>= 3.12~) [alpha]

  dep: python3 (>= 3.13~) [not alpha, m68k]

  dep: python3 (>= 3.9~) [m68k]

• dep: python3-biopython

  Python 3-bibliotek for bioinformatik

• dep: python3-bs4 [m68k]

  Fejltolerant HTML-fortolker for Python 3

  dep: python3-bs4 (>= 4.1.0) [not m68k]

• dep: python3-dendropy

  DendroPy Phylogenetic Computing Library - Python 3

• dep: python3-matplotlib

  Pythonbaseret plotsystem i en stil der ligner Matlab

• dep: python3-pkg-resources [not alpha, m68k]

  Pakkesøgning og ressourceadgang med brug af pkg_resources

• dep: python3-pymummer [not m68k]

  Python 3-grænseflade til MUMmer

  dep: python3-pymummer (>= 0.10.2) [m68k]

• dep: python3-pysam [not m68k]

  Grænseflade for SAM/BAM-sekvenssammenligning og oversættelsesformatet - Python 3

  dep: python3-pysam (>= 0.9.1) [m68k]

• dep: python3-tk

  Tkinter - skrivning af Tk-programmer med Python 3.x

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Komprimeringsbibliotek - kørselstid

• sug: spades

  Genomsamler for single-celle- og isolates-datasæt

Download ariba

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	2.14.7+ds-4	1,908.0 kB	20,531.0 kB	[list of files]
amd64	2.14.7+ds-7+b1	1,911.2 kB	20,464.0 kB	[list of files]
arm64	2.14.7+ds-7+b1	1,906.5 kB	20,532.0 kB	[list of files]
loong64 (unofficial port)	2.14.7+ds-7+b1	1,908.5 kB	20,532.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	2.14.6+ds-2+b1	1,910.0 kB	20,567.0 kB	[list of files]
mips64el	2.14.7+ds-7+b1	1,909.7 kB	20,536.0 kB	[list of files]
ppc64el	2.14.7+ds-7+b1	1,910.8 kB	20,532.0 kB	[list of files]
riscv64	2.14.7+ds-7+b1	1,909.2 kB	20,428.0 kB	[list of files]