Package: mummer (3.23+dfsg-8 and others)

[ Source: mummer  ]

Effektiv sekvensjustering for hele genomer

MUMmer er et system til hurtig justering af hele genomer, uanset om det er i komplet eller udkastform. For eksempel kan MUMmer 3.0 finde alle eksakte sammenfald for 20-basepar eller længere mellem et par af 5-megabase genomer på 13,7 sekunder, med brug af 78MB hukommelse, på en stationær 2,4GHz Linux-maskine. MUMmer kan også justere genomer som ikke er komplette; den håndterer de hundrede- eller tusindevis af »contig'er« fra et »shotgun«- sekventeringsprojekt med lethed, og vil justere dem til et andet sæt af »contig'er« eller et genom med brug af NUCmer-programmet som er inkluderet i systemet. Hvis arterne er for divergerende til registrering af lighed gennem DNA-sekvensjustering, så kan PROmer-programmet danne justeringer baseret på »six-frame«-oversættelser af begge input-sekvenser.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c++, interface::commandline, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: use::comparing, works-with-format::TODO, Supports Format: Plain Text, Works with: Need an extra tag

Other Packages Related to mummer

• dep: gawk

  GNU awk, et mønsterscannings- og mønsterbehandlingssprog

• dep: libc6 (>= 2.34) [not alpha, arm64, ia64, loong64, sh4]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.36) [loong64, sh4]

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]

• dep: libc6.1 (>= 2.33) [alpha]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.36) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, loong64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  GCC støttebibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC støttebibliotek

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC støttebibliotek

• dep: libstdc++6 (>= 11) [not arm64, riscv64]

  GNU Standard C++ bibliotek v3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [arm64, riscv64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  Bibliotek til at bestemme call-chain for et program - kørselstid

• dep: perl

  Larry Walls praktiske uddragnings- og rapportsprog (Perl)

Download mummer

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	3.23+dfsg-8	654.6 kB	3,963.0 kB	[list of files]
amd64	3.23+dfsg-8	646.2 kB	3,307.0 kB	[list of files]
arm64	3.23+dfsg-8+b1	628.2 kB	3,827.0 kB	[list of files]
armel	3.23+dfsg-8	616.5 kB	3,745.0 kB	[list of files]
armhf	3.23+dfsg-8	612.8 kB	3,361.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	3.23+dfsg-8	643.0 kB	3,175.0 kB	[list of files]
i386	3.23+dfsg-8	653.4 kB	3,297.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	3.23+dfsg-8	702.7 kB	4,138.0 kB	[list of files]
loong64 (unofficial port)	3.23+dfsg-8	629.4 kB	3,306.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	3.23+dfsg-8	633.3 kB	3,193.0 kB	[list of files]
mips64el	3.23+dfsg-8	651.6 kB	4,009.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	3.23+dfsg-8	651.1 kB	4,083.0 kB	[list of files]
ppc64el	3.23+dfsg-8	655.8 kB	4,019.0 kB	[list of files]
riscv64	3.23+dfsg-8+b1	648.4 kB	3,067.0 kB	[list of files]
s390x	3.23+dfsg-8	622.6 kB	3,286.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	3.23+dfsg-8	655.9 kB	3,748.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	3.23+dfsg-8	621.6 kB	20,626.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	3.23+dfsg-8	643.1 kB	3,173.0 kB	[list of files]