Package: mash (2.3+dfsg-6 and others)

[ Source: mash  ]

Hurtig genom- og metagenomafstandsestimering via MinHash

Mash bruger MinHash lokalitetssensitiv hashing til at reducere store biosekvenser til en repræsentativ kladde og hurtigt estimere parvise afstande mellem genomer eller metagenomer. Mash tegner databaser effektivt afgrænset kendt artsgrænser, tillader konstruktion af omtrentlige fylogenier og kan være søgt på sekunder ved hjælp af samlede genomer eller rå sekventeringskørsler fra Illumina, Pacific Biosciences og Oxford Nanopore. Ved metagenomik skalerer Mash sig til tusinder af prøver og kan replikere Human Microbiome Project- og Global Ocean Survey-resultater i en brøkdel af tiden.

Other Packages Related to mash

• dep: libc6 (>= 2.29) [hppa, m68k, sparc64, x32]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.30) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.34) [not alpha, hppa, m68k, sh4, sparc64, x32]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

• dep: libcapnp-0.7.0 [hppa, m68k, sh4, sparc64, x32]

  Cap'n Proto C++-bibliotek

• dep: libcapnp-1.0.1 [not hppa, m68k, sh4, sparc64, x32]

  Cap'n Proto C++-bibliotek

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not alpha, hppa, m68k, riscv64, sh4, sparc64]

  GCC støttebibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [sh4]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.3) [sparc64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC støttebibliotek

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC støttebibliotek

• dep: libgsl25 (>= 2.6) [hppa, m68k, sh4, sparc64, x32]

  Package not available

• dep: libgsl28 (>= 2.8+dfsg) [not hppa, m68k, sh4, sparc64, x32]

  GNU Scientific Library (GSL) - bibliotekspakke

• dep: libgslcblas0 (>= 2.6) [hppa, m68k, sh4, sparc64]

  GNU Scientific Library (GSL) - blas-bibliotekspakke

• dep: libmurmurhash2 (>= 0.2)

  Portable MurmurHash Implementation

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [not hppa, m68k, sh4, sparc64, x32]

  GNU Standard C++ bibliotek v3

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [hppa, m68k, sh4, sparc64, x32]

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Komprimeringsbibliotek - kørselstid

Download mash

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	2.3+dfsg-6+b1	176.8 kB	620.0 kB	[list of files]
amd64	2.3+dfsg-6+b1	187.7 kB	538.0 kB	[list of files]
arm64	2.3+dfsg-6+b1	165.4 kB	490.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	2.2.2+dfsg-1+b1	148.4 kB	418.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	2.2.2+dfsg-1+b1	141.0 kB	423.0 kB	[list of files]
mips64el	2.3+dfsg-6+b1	165.9 kB	635.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	2.3+dfsg-6+b1	184.8 kB	618.0 kB	[list of files]
ppc64el	2.3+dfsg-6+b1	184.5 kB	618.0 kB	[list of files]
riscv64	2.3+dfsg-6+b2	185.6 kB	402.0 kB	[list of files]
s390x	2.3+dfsg-6+b1	187.4 kB	546.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	2.2.2+dfsg-1+b1	180.6 kB	400.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	2.2.2+dfsg-1+b1	123.1 kB	421.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	2.2.2+dfsg-1+b1	147.1 kB	407.0 kB	[list of files]