パッケージ: ariba (2.14.7+ds-7 など)

[ ソース: ariba  ]

Antibiotic Resistance Identification By Assembly

ARIBA is a tool that identifies antibiotic resistance genes by running local assemblies. The input is a FASTA file of reference genes and paired sequencing reads. ARIBA reports which of the reference genes were found, plus detailed information on the quality of the assemblies and any variants between the sequencing reads and the reference genes.

タグ: 生物学: 核酸, 分野: 生物学, field::biology:bioinformatics, implemented-in::python, ユーザインタフェース: コマンドライン, 役割: role::program, scope::application, 目的: 解析

その他の ariba 関連パッケージ

• dep: bowtie2 [m68k 以外]

  ultrafast memory-efficient short read aligner

  dep: bowtie2 (>= 2.1.0) [m68k]

• dep: cd-hit

  suite of programs designed to quickly group sequences

• dep: fastaq [m68k 以外]

  FASTA and FASTQ file manipulation tools

  dep: fastaq (>= 3.12.0) [m68k]

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

  dep: libc6 (>= 2.4) [m68k, mips64el]

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64]

• dep: libc6.1 (>= 2.1.3) [alpha]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb

• dep: libfml0 (>= 0.1) [m68k 以外]

  library for assembling Illumina short reads in small regions

  dep: libfml0 (>= 0.1-4~) [m68k]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [m68k 以外]

  GCC 共有ライブラリ

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC 共有ライブラリ

• dep: libminimap0 (>= 0.2)

  library for approximate mapping of long biosequences

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [m68k 以外]

  GNU 標準 C++ ライブラリ v3

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [m68k]

• dep: mash

  fast genome and metagenome distance estimation using MinHash

• dep: mummer

  遺伝子全体の効率的な配列アライメント

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

  dep: python3 (<< 3.11) [m68k]

  dep: python3 (<< 3.13) [alpha]

  dep: python3 (<< 3.14) [alpha, m68k 以外]

  dep: python3 (>= 3.12~) [alpha]

  dep: python3 (>= 3.13~) [alpha, m68k 以外]

  dep: python3 (>= 3.9~) [m68k]

• dep: python3-biopython

  Python3 library for bioinformatics

• dep: python3-bs4 [m68k]

  error-tolerant HTML parser for Python 3

  dep: python3-bs4 (>= 4.1.0) [m68k 以外]

• dep: python3-dendropy

  DendroPy Phylogenetic Computing Library (Python 3)

• dep: python3-matplotlib

  Python based plotting system in a style similar to Matlab

• dep: python3-pkg-resources [alpha, m68k 以外]

  pkg_resources を用いたパッケージ検索およびリソースアクセス

• dep: python3-pymummer [m68k 以外]

  Python 3 interface to MUMmer

  dep: python3-pymummer (>= 0.10.2) [m68k]

• dep: python3-pysam [m68k 以外]

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

  dep: python3-pysam (>= 0.9.1) [m68k]

• dep: python3-tk

  Tkinter - Writing Tk applications with Python 3.x

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  圧縮ライブラリ - ランタイム

• sug: spades

  genome assembler for single-cell and isolates data sets

ariba のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
alpha (非公式の移植版)	2.14.7+ds-4	1,908.0 kB	20,531.0 kB	[ファイル一覧]
amd64	2.14.7+ds-7+b1	1,911.2 kB	20,464.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	2.14.7+ds-7+b1	1,906.5 kB	20,532.0 kB	[ファイル一覧]
loong64 (非公式の移植版)	2.14.7+ds-7+b1	1,908.5 kB	20,532.0 kB	[ファイル一覧]
m68k (非公式の移植版)	2.14.6+ds-2+b1	1,910.0 kB	20,567.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	2.14.7+ds-7+b1	1,909.7 kB	20,536.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	2.14.7+ds-7+b1	1,910.8 kB	20,532.0 kB	[ファイル一覧]
riscv64	2.14.7+ds-7+b1	1,909.2 kB	20,428.0 kB	[ファイル一覧]