Пакунок: ariba (2.14.7+ds-7 and others)

[ Source: ariba  ]

Antibiotic Resistance Identification By Assembly

ARIBA is a tool that identifies antibiotic resistance genes by running local assemblies. The input is a FASTA file of reference genes and paired sequencing reads. ARIBA reports which of the reference genes were found, plus detailed information on the quality of the assemblies and any variants between the sequencing reads and the reference genes.

Tags: Biology: Nucleic Acids, Field: Biology, field::biology:bioinformatics, implemented-in::python, User Interface: Command Line, Role: role::program, scope::application, Purpose: Analysing

Інші пакунки пов'язані з ariba

• dep: bowtie2 [not m68k]

  ultrafast memory-efficient short read aligner

  dep: bowtie2 (>= 2.1.0) [m68k]

• dep: cd-hit

  suite of programs designed to quickly group sequences

• dep: fastaq [not m68k]

  FASTA and FASTQ file manipulation tools

  dep: fastaq (>= 3.12.0) [m68k]

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

  dep: libc6 (>= 2.4) [m68k, mips64el]

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64]

• dep: libc6.1 (>= 2.1.3) [alpha]

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

• dep: libfml0 (>= 0.1) [not m68k]

  library for assembling Illumina short reads in small regions

  dep: libfml0 (>= 0.1-4~) [m68k]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not m68k]

  Допоміжна бібліотека GCC

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Допоміжна бібліотека GCC

• dep: libminimap0 (>= 0.2)

  library for approximate mapping of long biosequences

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [not m68k]

  Стандартна бібліотека C++ GNU, версії 3

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [m68k]

• dep: mash

  fast genome and metagenome distance estimation using MinHash

• dep: mummer

  Efficient sequence alignment of full genomes

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

  dep: python3 (<< 3.11) [m68k]

  dep: python3 (<< 3.13) [alpha]

  dep: python3 (<< 3.14) [not alpha, m68k]

  dep: python3 (>= 3.12~) [alpha]

  dep: python3 (>= 3.13~) [not alpha, m68k]

  dep: python3 (>= 3.9~) [m68k]

• dep: python3-biopython

  Python3 library for bioinformatics

• dep: python3-bs4 [m68k]

  error-tolerant HTML parser for Python 3

  dep: python3-bs4 (>= 4.1.0) [not m68k]

• dep: python3-dendropy

  DendroPy Phylogenetic Computing Library (Python 3)

• dep: python3-matplotlib

  Python based plotting system in a style similar to Matlab

• dep: python3-pkg-resources [not alpha, m68k]

  Виявлення пакунків та доступ до ресурсів використовуючи pkg_resources

• dep: python3-pymummer [not m68k]

  Python 3 interface to MUMmer

  dep: python3-pymummer (>= 0.10.2) [m68k]

• dep: python3-pysam [not m68k]

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

  dep: python3-pysam (>= 0.9.1) [m68k]

• dep: python3-tk

  Tkinter - Writing Tk applications with Python 3.x

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Бібліотека стискання даних (виконавчий модуль)

• sug: spades

  genome assembler for single-cell and isolates data sets

Завантажити ariba

Завантаження для всіх доступних архітектур

Архітектура	Версія	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
alpha (unofficial port)	2.14.7+ds-4	1,908.0 kB	20,531.0 kB	[список файлів]
amd64	2.14.7+ds-7+b1	1,911.2 kB	20,464.0 kB	[список файлів]
arm64	2.14.7+ds-7+b1	1,906.5 kB	20,532.0 kB	[список файлів]
loong64 (unofficial port)	2.14.7+ds-7+b1	1,908.5 kB	20,532.0 kB	[список файлів]
m68k (unofficial port)	2.14.6+ds-2+b1	1,910.0 kB	20,567.0 kB	[список файлів]
mips64el	2.14.7+ds-7+b1	1,909.7 kB	20,536.0 kB	[список файлів]
ppc64el	2.14.7+ds-7+b1	1,910.8 kB	20,532.0 kB	[список файлів]
riscv64	2.14.7+ds-7+b1	1,909.2 kB	20,428.0 kB	[список файлів]