Pakiet: ariba (2.14.7+ds-7 i inne)

[ Pakiet źródłowy: ariba  ]

Antibiotic Resistance Identification By Assembly

ARIBA is a tool that identifies antibiotic resistance genes by running local assemblies. The input is a FASTA file of reference genes and paired sequencing reads. ARIBA reports which of the reference genes were found, plus detailed information on the quality of the assemblies and any variants between the sequencing reads and the reference genes.

Znaczniki: Biologia: Kwasy nukleinowe, Dziedzina: Biologia, field::biology:bioinformatics, implemented-in::python, Interfejs użytkownika: Wiersz poleceń, Rola: role::program, scope::application, Przeznaczenie: Analizowanie

Inne pakiety związane z ariba

• dep: bowtie2 [nie m68k]

  ultrafast memory-efficient short read aligner

  dep: bowtie2 (>= 2.1.0) [m68k]

• dep: cd-hit

  Pakiet programów przeznaczonych do szybkiego grupowania sekwencji

• dep: fastaq [nie m68k]

  Narzędzia do obsługi plików FASTA i FASTQ

  dep: fastaq (>= 3.12.0) [m68k]

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

  dep: libc6 (>= 2.4) [m68k, mips64el]

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64]

• dep: libc6.1 (>= 2.1.3) [alpha]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

• dep: libfml0 (>= 0.1) [nie m68k]

  library for assembling Illumina short reads in small regions

  dep: libfml0 (>= 0.1-4~) [m68k]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nie m68k]

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libminimap0 (>= 0.2)

  library for approximate mapping of long biosequences

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [nie m68k]

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [m68k]

• dep: mash

  fast genome and metagenome distance estimation using MinHash

• dep: mummer

  Efficient sequence alignment of full genomes

• dep: python3

  Interaktywny, wysokopoziomowy i obiektowy język programowania (domyślna wersja Python 3)

  dep: python3 (<< 3.11) [m68k]

  dep: python3 (<< 3.13) [alpha]

  dep: python3 (<< 3.14) [nie alpha, m68k]

  dep: python3 (>= 3.12~) [alpha]

  dep: python3 (>= 3.13~) [nie alpha, m68k]

  dep: python3 (>= 3.9~) [m68k]

• dep: python3-biopython

  Python3 library for bioinformatics

• dep: python3-bs4 [m68k]

  error-tolerant HTML parser for Python 3

  dep: python3-bs4 (>= 4.1.0) [nie m68k]

• dep: python3-dendropy

  DendroPy Phylogenetic Computing Library (Python 3)

• dep: python3-matplotlib

  System do rysowania wykresów oparty na Pythonie w stylu podobnym do Matlaba

• dep: python3-pkg-resources [nie alpha, m68k]

  Wykrywanie pakietów i udostępnianie zasobów przy użyciu pkg_resources

• dep: python3-pymummer [nie m68k]

  Python 3 interface to MUMmer

  dep: python3-pymummer (>= 0.10.2) [m68k]

• dep: python3-pysam [nie m68k]

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

  dep: python3-pysam (>= 0.9.1) [m68k]

• dep: python3-tk

  Tkinter - Writing Tk applications with Python 3.x

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

• sug: spades

  genome assembler for single-cell and isolates data sets

Pobieranie ariba

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	2.14.7+ds-4	1 908,0 KiB	20 531,0 KiB	[lista plików]
amd64	2.14.7+ds-7+b1	1 911,2 KiB	20 464,0 KiB	[lista plików]
arm64	2.14.7+ds-7+b1	1 906,5 KiB	20 532,0 KiB	[lista plików]
loong64 (port nieoficjalny)	2.14.7+ds-7+b1	1 908,5 KiB	20 532,0 KiB	[lista plików]
m68k (port nieoficjalny)	2.14.6+ds-2+b1	1 910,0 KiB	20 567,0 KiB	[lista plików]
mips64el	2.14.7+ds-7+b1	1 909,7 KiB	20 536,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	2.14.7+ds-7+b1	1 910,8 KiB	20 532,0 KiB	[lista plików]
riscv64	2.14.7+ds-7+b1	1 909,2 KiB	20 428,0 KiB	[lista plików]