Balík: ariba (2.14.7+ds-7 a iné)

[ Zdroj: ariba  ]

Antibiotic Resistance Identification By Assembly

ARIBA is a tool that identifies antibiotic resistance genes by running local assemblies. The input is a FASTA file of reference genes and paired sequencing reads. ARIBA reports which of the reference genes were found, plus detailed information on the quality of the assemblies and any variants between the sequencing reads and the reference genes.

Značky: Biológia: Nucleic Acids, Pole: Biológia, field::biology:bioinformatics, implemented-in::python, User Interface: Príkazový riadok, Role: role::program, scope::application, Purpose: Analyzovanie

Ostatné balíky súvisiace s balíkom ariba

• dep: bowtie2 [nie m68k]

  ultrafast memory-efficient short read aligner

  dep: bowtie2 (>= 2.1.0) [m68k]

• dep: cd-hit

  suite of programs designed to quickly group sequences

• dep: fastaq [nie m68k]

  FASTA and FASTQ file manipulation tools

  dep: fastaq (>= 3.12.0) [m68k]

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

  dep: libc6 (>= 2.4) [m68k, mips64el]

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64]

• dep: libc6.1 (>= 2.1.3) [alpha]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6.1-udeb

• dep: libfml0 (>= 0.1) [nie m68k]

  library for assembling Illumina short reads in small regions

  dep: libfml0 (>= 0.1-4~) [m68k]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nie m68k]

  podporná knižnica GCC

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  podporná knižnica GCC

• dep: libminimap0 (>= 0.2)

  library for approximate mapping of long biosequences

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [nie m68k]

  štandardná knižnica C++ GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [m68k]

• dep: mash

  fast genome and metagenome distance estimation using MinHash

• dep: mummer

  Efficient sequence alignment of full genomes

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

  dep: python3 (<< 3.11) [m68k]

  dep: python3 (<< 3.13) [alpha]

  dep: python3 (<< 3.14) [nie alpha, m68k]

  dep: python3 (>= 3.12~) [alpha]

  dep: python3 (>= 3.13~) [nie alpha, m68k]

  dep: python3 (>= 3.9~) [m68k]

• dep: python3-biopython

  Python3 library for bioinformatics

• dep: python3-bs4 [m68k]

  syntaktický analyzátor HTML tolerantný k chybám pre Python 3

  dep: python3-bs4 (>= 4.1.0) [nie m68k]

• dep: python3-dendropy

  DendroPy Phylogenetic Computing Library (Python 3)

• dep: python3-matplotlib

  systém v Pythone na vykresľovanie v štýle podobnom Matlabu

• dep: python3-pkg-resources [nie alpha, m68k]

  objavovanie balíkov a prístup k zdrojom prostredníctvom pkg_resources

• dep: python3-pymummer [nie m68k]

  Python 3 interface to MUMmer

  dep: python3-pymummer (>= 0.10.2) [m68k]

• dep: python3-pysam [nie m68k]

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

  dep: python3-pysam (>= 0.9.1) [m68k]

• dep: python3-tk

  Tkinter - Writing Tk applications with Python 3.x

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  komprimačná knižnica - dynamická verzia

• sug: spades

  genome assembler for single-cell and isolates data sets

Stiahnuť ariba

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Verzia	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
alpha (neoficiálny port)	2.14.7+ds-4	1,908.0 kB	20,531.0 kB	[zoznam súborov]
amd64	2.14.7+ds-7+b1	1,911.2 kB	20,464.0 kB	[zoznam súborov]
arm64	2.14.7+ds-7+b1	1,906.5 kB	20,532.0 kB	[zoznam súborov]
loong64 (neoficiálny port)	2.14.7+ds-7+b1	1,908.5 kB	20,532.0 kB	[zoznam súborov]
m68k (neoficiálny port)	2.14.6+ds-2+b1	1,910.0 kB	20,567.0 kB	[zoznam súborov]
mips64el	2.14.7+ds-7+b1	1,909.7 kB	20,536.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64el	2.14.7+ds-7+b1	1,910.8 kB	20,532.0 kB	[zoznam súborov]
riscv64	2.14.7+ds-7+b1	1,909.2 kB	20,428.0 kB	[zoznam súborov]