软件包：maffilter（1.3.1+dfsg-6 以及其他的）

[ 源代码： maffilter  ]

process genome alignment in the Multiple Alignment Format

MafFilter applies a series of "filters" to a MAF file, in order to clean it, extract data and computer statistics while keeping track of the associated meta-data such as genome coordinates and quality scores.

 * It can process the alignment to remove low-quality / ambiguous /
   masked regions.
 * It can export data into a single or multiple alignment file in
   format such as Fasta or Clustal.
 * It can read annotation data in GFF or GTF format, and extract the
   corresponding alignment.
 * It can perform sliding windows calculations.
 * It can reconstruct phylogeny/genealogy along the genome alignment.
 * It can compute population genetics statistics, such as site
   frequency spectrum, number of fixed/polymorphic sites, etc.

其他与 maffilter 有关的软件包

• dep: libboost-iostreams1.83.0 (>= 1.83.0)

  Boost.Iostream 软件库

• dep: libbpp-core4t64 (>= 2.4.1)

  Bio++ Core library

• dep: libbpp-phyl-omics3t64 (>= 2.4.1)

  Bio++ Phylogenetics library: genomics components

• dep: libbpp-phyl12t64 (>= 2.4.1)

  Bio++ Phylogenetic library

• dep: libbpp-seq-omics3t64 (>= 2.4.1)

  Bio++ Sequence library: genomics components

• dep: libbpp-seq12t64 (>= 2.4.1)

  Bio++ Sequence library

• dep: libbz2-1.0 [sparc64]

  高品质块排序文件压缩程序库 - 运行时库

• dep: libc6 (>= 2.34) [除 alpha, ia64, loong64, sh4]

  GNU C 语言运行库：共享库
  同时作为一个虚包由这些包填实： libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [loong64, sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU C 语言运行库：共享库
  同时作为一个虚包由这些包填实： libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, loong64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  GCC 支持库

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC 支持库

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC 支持库

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [除 alpha]

  GNU 标准 C++ 库，第3版

  dep: libstdc++6 (>= 14-20240221-2.1) [alpha]

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [sparc64]

  压缩库 - 运行时

• sug: maffilter-examples

  process genome alignment in the Multiple Alignment Format (example data)

下载 maffilter

下载可用于所有硬件架构的

硬件架构	版本	软件包大小	安装后大小	文件
alpha （非官方移植版）	1.3.1+dfsg-6	240.8 kB	1,373.0 kB	[文件列表]
amd64	1.3.1+dfsg-6	259.5 kB	1,308.0 kB	[文件列表]
arm64	1.3.1+dfsg-6+b1	238.6 kB	1,369.0 kB	[文件列表]
armel	1.3.1+dfsg-6	222.9 kB	1,179.0 kB	[文件列表]
armhf	1.3.1+dfsg-6	228.8 kB	1,039.0 kB	[文件列表]
hppa （非官方移植版）	1.3.1+dfsg-6	248.4 kB	1,250.0 kB	[文件列表]
i386	1.3.1+dfsg-6	266.2 kB	1,271.0 kB	[文件列表]
ia64 （非官方移植版）	1.3.1+dfsg-6	273.0 kB	1,911.0 kB	[文件列表]
loong64 （非官方移植版）	1.3.1+dfsg-6	241.2 kB	1,322.0 kB	[文件列表]
m68k （非官方移植版）	1.3.1+dfsg-6	248.5 kB	1,255.0 kB	[文件列表]
mips64el	1.3.1+dfsg-6	225.2 kB	1,489.0 kB	[文件列表]
ppc64 （非官方移植版）	1.3.1+dfsg-6	256.3 kB	1,560.0 kB	[文件列表]
ppc64el	1.3.1+dfsg-6	254.5 kB	1,432.0 kB	[文件列表]
riscv64	1.3.1+dfsg-6	248.2 kB	1,176.0 kB	[文件列表]
s390x	1.3.1+dfsg-6	247.8 kB	1,320.0 kB	[文件列表]
sh4 （非官方移植版）	1.3.1+dfsg-6	284.3 kB	1,304.0 kB	[文件列表]
sparc64 （非官方移植版）	1.3.1+dfsg-6	220.7 kB	1,503.0 kB	[文件列表]
x32 （非官方移植版）	1.3.1+dfsg-6+b1	261.3 kB	1,252.0 kB	[文件列表]