Пакет: maffilter (1.3.1+dfsg-6 и другие)

[ Источник: maffilter  ]

process genome alignment in the Multiple Alignment Format

MafFilter applies a series of "filters" to a MAF file, in order to clean it, extract data and computer statistics while keeping track of the associated meta-data such as genome coordinates and quality scores.

 * It can process the alignment to remove low-quality / ambiguous /
   masked regions.
 * It can export data into a single or multiple alignment file in
   format such as Fasta or Clustal.
 * It can read annotation data in GFF or GTF format, and extract the
   corresponding alignment.
 * It can perform sliding windows calculations.
 * It can reconstruct phylogeny/genealogy along the genome alignment.
 * It can compute population genetics statistics, such as site
   frequency spectrum, number of fixed/polymorphic sites, etc.

Другие пакеты, относящиеся к maffilter

• dep: libboost-iostreams1.83.0 (>= 1.83.0)

  библиотека Boost.Iostreams

• dep: libbpp-core4t64 (>= 2.4.1)

  Bio++ Core library

• dep: libbpp-phyl-omics3t64 (>= 2.4.1)

  Bio++ Phylogenetics library: genomics components

• dep: libbpp-phyl12t64 (>= 2.4.1)

  Bio++ Phylogenetic library

• dep: libbpp-seq-omics3t64 (>= 2.4.1)

  Bio++ Sequence library: genomics components

• dep: libbpp-seq12t64 (>= 2.4.1)

  Bio++ Sequence library

• dep: libbz2-1.0 [sparc64]

  библиотека сжатия по алгоритму Барроуза—Уилера (динамическая версия)

• dep: libc6 (>= 2.34) [не alpha, ia64, sh4]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  вспомогательная библиотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [не alpha]

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

  dep: libstdc++6 (>= 14-20240221-2.1) [alpha]

• dep: libunwind8 [ia64]

  библиотека для выявления цепочки вызовов функций в программе

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [sparc64]

  библиотека сжатия

• sug: maffilter-examples

  process genome alignment in the Multiple Alignment Format (example data)

Загрузка maffilter

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
alpha (неофициальный перенос)	1.3.1+dfsg-6	240,8 Кб	1 373,0 Кб	[список файлов]
amd64	1.3.1+dfsg-6	259,5 Кб	1 308,0 Кб	[список файлов]
arm64	1.3.1+dfsg-6+b1	238,6 Кб	1 369,0 Кб	[список файлов]
armel	1.3.1+dfsg-6	222,9 Кб	1 179,0 Кб	[список файлов]
armhf	1.3.1+dfsg-6	228,8 Кб	1 039,0 Кб	[список файлов]
hppa (неофициальный перенос)	1.3.1+dfsg-6	248,4 Кб	1 250,0 Кб	[список файлов]
i386	1.3.1+dfsg-6	266,2 Кб	1 271,0 Кб	[список файлов]
ia64 (неофициальный перенос)	1.3.1+dfsg-6	273,0 Кб	1 911,0 Кб	[список файлов]
m68k (неофициальный перенос)	1.3.1+dfsg-6	248,5 Кб	1 255,0 Кб	[список файлов]
mips64el	1.3.1+dfsg-6	225,2 Кб	1 489,0 Кб	[список файлов]
ppc64 (неофициальный перенос)	1.3.1+dfsg-6	256,3 Кб	1 560,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	1.3.1+dfsg-6	254,5 Кб	1 432,0 Кб	[список файлов]
riscv64	1.3.1+dfsg-6	248,2 Кб	1 176,0 Кб	[список файлов]
s390x	1.3.1+dfsg-6	247,8 Кб	1 320,0 Кб	[список файлов]
sh4 (неофициальный перенос)	1.3.1+dfsg-6	284,3 Кб	1 304,0 Кб	[список файлов]
sparc64 (неофициальный перенос)	1.3.1+dfsg-6	220,7 Кб	1 503,0 Кб	[список файлов]
x32 (неофициальный перенос)	1.3.1+dfsg-6+b1	261,3 Кб	1 252,0 Кб	[список файлов]