Пакет: maffilter (1.3.1+dfsg-6 и други)

[ Източник: maffilter  ]

process genome alignment in the Multiple Alignment Format

MafFilter applies a series of "filters" to a MAF file, in order to clean it, extract data and computer statistics while keeping track of the associated meta-data such as genome coordinates and quality scores.

 * It can process the alignment to remove low-quality / ambiguous /
   masked regions.
 * It can export data into a single or multiple alignment file in
   format such as Fasta or Clustal.
 * It can read annotation data in GFF or GTF format, and extract the
   corresponding alignment.
 * It can perform sliding windows calculations.
 * It can reconstruct phylogeny/genealogy along the genome alignment.
 * It can compute population genetics statistics, such as site
   frequency spectrum, number of fixed/polymorphic sites, etc.

Други пакети, свързани с maffilter

• dep: libboost-iostreams1.83.0 (>= 1.83.0)

  Boost.Iostreams Library

• dep: libbpp-core4t64 (>= 2.4.1)

  Bio++ Core library

• dep: libbpp-phyl-omics3t64 (>= 2.4.1)

  Bio++ Phylogenetics library: genomics components

• dep: libbpp-phyl12t64 (>= 2.4.1)

  Bio++ Phylogenetic library

• dep: libbpp-seq-omics3t64 (>= 2.4.1)

  Bio++ Sequence library: genomics components

• dep: libbpp-seq12t64 (>= 2.4.1)

  Bio++ Sequence library

• dep: libbz2-1.0 [sparc64]

  high-quality block-sorting file compressor library - runtime

• dep: libc6 (>= 2.34) [не alpha, ia64, sh4]

  GNU C Library: Shared libraries
  също и виртуален пакет, предлаган от libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU C Library: Shared libraries
  също и виртуален пакет, предлаган от libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  GCC support library

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC support library

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC support library

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [не alpha]

  GNU Standard C++ Library v3

  dep: libstdc++6 (>= 14-20240221-2.1) [alpha]

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [sparc64]

  compression library - runtime

• sug: maffilter-examples

  process genome alignment in the Multiple Alignment Format (example data)

Изтегляне на maffilter

Изтегляне за всички налични архитектури

Архитектура	Версия	Големина на пакета	Големина след инсталиране	Файлове
alpha (неофициална архитектура)	1.3.1+dfsg-6	240,8 кБ	1 373,0 кБ	[списък на файловете]
amd64	1.3.1+dfsg-6	259,5 кБ	1 308,0 кБ	[списък на файловете]
arm64	1.3.1+dfsg-6+b1	238,6 кБ	1 369,0 кБ	[списък на файловете]
armel	1.3.1+dfsg-6	222,9 кБ	1 179,0 кБ	[списък на файловете]
armhf	1.3.1+dfsg-6	228,8 кБ	1 039,0 кБ	[списък на файловете]
hppa (неофициална архитектура)	1.3.1+dfsg-6	248,4 кБ	1 250,0 кБ	[списък на файловете]
i386	1.3.1+dfsg-6	266,2 кБ	1 271,0 кБ	[списък на файловете]
ia64 (неофициална архитектура)	1.3.1+dfsg-6	273,0 кБ	1 911,0 кБ	[списък на файловете]
m68k (неофициална архитектура)	1.3.1+dfsg-6	248,5 кБ	1 255,0 кБ	[списък на файловете]
mips64el	1.3.1+dfsg-6	225,2 кБ	1 489,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64 (неофициална архитектура)	1.3.1+dfsg-6	256,3 кБ	1 560,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64el	1.3.1+dfsg-6	254,5 кБ	1 432,0 кБ	[списък на файловете]
riscv64	1.3.1+dfsg-6	248,2 кБ	1 176,0 кБ	[списък на файловете]
s390x	1.3.1+dfsg-6	247,8 кБ	1 320,0 кБ	[списък на файловете]
sh4 (неофициална архитектура)	1.3.1+dfsg-6	284,3 кБ	1 304,0 кБ	[списък на файловете]
sparc64 (неофициална архитектура)	1.3.1+dfsg-6	220,7 кБ	1 503,0 кБ	[списък на файловете]
x32 (неофициална архитектура)	1.3.1+dfsg-6+b1	261,3 кБ	1 252,0 кБ	[списък на файловете]