Package: maffilter (1.3.1+dfsg-6 and others)

[ Source: maffilter  ]

elabora allineamenti di genoma in Multiple Alignment Format

MafFilter applica una serie di "filtri" a un file MAF per ripulirlo, estrarre dati e calcolare statistiche tenendo traccia dei metadati associati come coordinate del genoma e punteggi di qualità.

 * Può elaborare l'allineamento per rimuovere regioni con bassa qualità /
   ambigue / mascherate.
 * Può esportare i dati in un file di allineamenti multipli o singoli in
   formati come Fasta o Clustal.
 * Può leggere i dati delle annotazioni nel formato GFF o GTF ed estrarre
   l'allineamento corrispondente.
 * Può eseguire calcoli con finestre mobili.
 * Può ricostruire filogenie/genealogie insieme all'allineamento del
   genoma.
 * Può calcolare statistiche genetiche sulla popolazione come spettro di
   frequenza dei siti, numero di siti fissi/polimorfici, ecc.

Other Packages Related to maffilter

• dep: libboost-iostreams1.83.0 (>= 1.83.0)

  libreria Boost.Iostreams

• dep: libbpp-core4t64 (>= 2.4.1)

  libreria principale di Bio++

• dep: libbpp-phyl-omics3t64 (>= 2.4.1)

  libreria filogenetica di Bio++: componenti genomiche

• dep: libbpp-phyl12t64 (>= 2.4.1)

  libreria filogenetica di Bio++

• dep: libbpp-seq-omics3t64 (>= 2.4.1)

  libreria per sequenze di Bio++: componenti genomici

• dep: libbpp-seq12t64 (>= 2.4.1)

  libreria per sequenze di Bio++

• dep: libbz2-1.0 [sparc64]

  libreria compressione file a ordinamento blocchi di alta qualità - runtime

• dep: libc6 (>= 2.34) [not alpha, ia64, loong64, sh4]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [loong64, sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, loong64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  libreria di supporto a GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  libreria di supporto a GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  libreria di supporto a GCC

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [not alpha]

  libreria GNU Standard C++, versione 3

  dep: libstdc++6 (>= 14-20240221-2.1) [alpha]

• dep: libunwind8 [ia64]

  libreria per tracciare la catena di chiamate di un programma - runtime

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [sparc64]

  libreria di compressione - runtime

• sug: maffilter-examples

  elabora allineamenti di genoma in Multiple Alignment Format (dati d'esempio)

Download maffilter

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	1.3.1+dfsg-6	240.8 kB	1,373.0 kB	[list of files]
amd64	1.3.1+dfsg-6	259.5 kB	1,308.0 kB	[list of files]
arm64	1.3.1+dfsg-6+b1	238.6 kB	1,369.0 kB	[list of files]
armel	1.3.1+dfsg-6	222.9 kB	1,179.0 kB	[list of files]
armhf	1.3.1+dfsg-6	228.8 kB	1,039.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	1.3.1+dfsg-6	248.4 kB	1,250.0 kB	[list of files]
i386	1.3.1+dfsg-6	266.2 kB	1,271.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	1.3.1+dfsg-6	273.0 kB	1,911.0 kB	[list of files]
loong64 (unofficial port)	1.3.1+dfsg-6	241.2 kB	1,322.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	1.3.1+dfsg-6	248.5 kB	1,255.0 kB	[list of files]
mips64el	1.3.1+dfsg-6	225.2 kB	1,489.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	1.3.1+dfsg-6	256.3 kB	1,560.0 kB	[list of files]
ppc64el	1.3.1+dfsg-6	254.5 kB	1,432.0 kB	[list of files]
riscv64	1.3.1+dfsg-6	248.2 kB	1,176.0 kB	[list of files]
s390x	1.3.1+dfsg-6	247.8 kB	1,320.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	1.3.1+dfsg-6	284.3 kB	1,304.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	1.3.1+dfsg-6	220.7 kB	1,503.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	1.3.1+dfsg-6+b1	261.3 kB	1,252.0 kB	[list of files]