Pacote: maffilter (1.3.1+dfsg-6 e outros)

[ Fonte: maffilter  ]

process genome alignment in the Multiple Alignment Format

MafFilter applies a series of "filters" to a MAF file, in order to clean it, extract data and computer statistics while keeping track of the associated meta-data such as genome coordinates and quality scores.

 * It can process the alignment to remove low-quality / ambiguous /
   masked regions.
 * It can export data into a single or multiple alignment file in
   format such as Fasta or Clustal.
 * It can read annotation data in GFF or GTF format, and extract the
   corresponding alignment.
 * It can perform sliding windows calculations.
 * It can reconstruct phylogeny/genealogy along the genome alignment.
 * It can compute population genetics statistics, such as site
   frequency spectrum, number of fixed/polymorphic sites, etc.

Outros pacotes relacionados a maffilter

• dep: libboost-iostreams1.83.0 (>= 1.83.0)

  biblioteca Boost.Iostreams

• dep: libbpp-core4t64 (>= 2.4.1)

  Bio++ Core library

• dep: libbpp-phyl-omics3t64 (>= 2.4.1)

  Bio++ Phylogenetics library: genomics components

• dep: libbpp-phyl12t64 (>= 2.4.1)

  Bio++ Phylogenetic library

• dep: libbpp-seq-omics3t64 (>= 2.4.1)

  Bio++ Sequence library: genomics components

• dep: libbpp-seq12t64 (>= 2.4.1)

  Bio++ Sequence library

• dep: libbz2-1.0 [sparc64]

  bib. de alta qualid. de compactação de arqs. bas. em ordenação de blocos - exec

• dep: libc6 (>= 2.34) [não alpha, ia64, loong64, sh4]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [loong64, sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, loong64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  Biblioteca de suporte GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Biblioteca de suporte GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Biblioteca de suporte GCC

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [não alpha]

  Biblioteca C++ padrão da GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 14-20240221-2.1) [alpha]

• dep: libunwind8 [ia64]

  biblioteca para determinar a cadeia de chamadas de um programa - execução

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [sparc64]

  biblioteca de compressão - runtime (tempo de execução)

• sug: maffilter-examples

  process genome alignment in the Multiple Alignment Format (example data)

Download de maffilter

Baixe para todas as arquiteturas disponíveis

Arquitetura	Versão	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
alpha (porte não oficial)	1.3.1+dfsg-6	240.8 kB	1,373.0 kB	[lista de arquivos]
amd64	1.3.1+dfsg-6	259.5 kB	1,308.0 kB	[lista de arquivos]
arm64	1.3.1+dfsg-6+b1	238.6 kB	1,369.0 kB	[lista de arquivos]
armel	1.3.1+dfsg-6	222.9 kB	1,179.0 kB	[lista de arquivos]
armhf	1.3.1+dfsg-6	228.8 kB	1,039.0 kB	[lista de arquivos]
hppa (porte não oficial)	1.3.1+dfsg-6	248.4 kB	1,250.0 kB	[lista de arquivos]
i386	1.3.1+dfsg-6	266.2 kB	1,271.0 kB	[lista de arquivos]
ia64 (porte não oficial)	1.3.1+dfsg-6	273.0 kB	1,911.0 kB	[lista de arquivos]
loong64 (porte não oficial)	1.3.1+dfsg-6	241.2 kB	1,322.0 kB	[lista de arquivos]
m68k (porte não oficial)	1.3.1+dfsg-6	248.5 kB	1,255.0 kB	[lista de arquivos]
mips64el	1.3.1+dfsg-6	225.2 kB	1,489.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64 (porte não oficial)	1.3.1+dfsg-6	256.3 kB	1,560.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64el	1.3.1+dfsg-6	254.5 kB	1,432.0 kB	[lista de arquivos]
riscv64	1.3.1+dfsg-6	248.2 kB	1,176.0 kB	[lista de arquivos]
s390x	1.3.1+dfsg-6	247.8 kB	1,320.0 kB	[lista de arquivos]
sh4 (porte não oficial)	1.3.1+dfsg-6	284.3 kB	1,304.0 kB	[lista de arquivos]
sparc64 (porte não oficial)	1.3.1+dfsg-6	220.7 kB	1,503.0 kB	[lista de arquivos]
x32 (porte não oficial)	1.3.1+dfsg-6+b1	261.3 kB	1,252.0 kB	[lista de arquivos]