Paketti: maffilter (1.3.1+dfsg-6 ja muut)

[ Source: maffilter  ]

process genome alignment in the Multiple Alignment Format

MafFilter applies a series of "filters" to a MAF file, in order to clean it, extract data and computer statistics while keeping track of the associated meta-data such as genome coordinates and quality scores.

 * It can process the alignment to remove low-quality / ambiguous /
   masked regions.
 * It can export data into a single or multiple alignment file in
   format such as Fasta or Clustal.
 * It can read annotation data in GFF or GTF format, and extract the
   corresponding alignment.
 * It can perform sliding windows calculations.
 * It can reconstruct phylogeny/genealogy along the genome alignment.
 * It can compute population genetics statistics, such as site
   frequency spectrum, number of fixed/polymorphic sites, etc.

Muut pakettiin maffilter liittyvät paketit

• dep: libboost-iostreams1.83.0 (>= 1.83.0)

  Boost.Iostreams -kirjasto

• dep: libbpp-core4t64 (>= 2.4.1)

  Bio++ Core library

• dep: libbpp-phyl-omics3t64 (>= 2.4.1)

  Bio++ Phylogenetics library: genomics components

• dep: libbpp-phyl12t64 (>= 2.4.1)

  Bio++ Phylogenetic library

• dep: libbpp-seq-omics3t64 (>= 2.4.1)

  Bio++ Sequence library: genomics components

• dep: libbpp-seq12t64 (>= 2.4.1)

  Bio++ Sequence library

• dep: libbz2-1.0 [sparc64]

  high-quality block-sorting file compressor library - runtime

• dep: libc6 (>= 2.34) [ei alpha, ia64, sh4]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  GCC:n apukirjasto

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC:n apukirjasto

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC:n apukirjasto

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [ei alpha]

  GNU standardi C++ -kirjasto, versio 3

  dep: libstdc++6 (>= 14-20240221-2.1) [alpha]

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [sparc64]

  pakkauskirjaston ajonaikaistiedostot

• sug: maffilter-examples

  process genome alignment in the Multiple Alignment Format (example data)

Imuroi maffilter

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille

Arkkitehtuuri	Versio	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
alpha (epävirallinen siirros)	1.3.1+dfsg-6	240.8 kt	1,373.0 kt	[tiedostoluettelo]
amd64	1.3.1+dfsg-6	259.5 kt	1,308.0 kt	[tiedostoluettelo]
arm64	1.3.1+dfsg-6+b1	238.6 kt	1,369.0 kt	[tiedostoluettelo]
armel	1.3.1+dfsg-6	222.9 kt	1,179.0 kt	[tiedostoluettelo]
armhf	1.3.1+dfsg-6	228.8 kt	1,039.0 kt	[tiedostoluettelo]
hppa (epävirallinen siirros)	1.3.1+dfsg-6	248.4 kt	1,250.0 kt	[tiedostoluettelo]
i386	1.3.1+dfsg-6	266.2 kt	1,271.0 kt	[tiedostoluettelo]
ia64 (epävirallinen siirros)	1.3.1+dfsg-6	273.0 kt	1,911.0 kt	[tiedostoluettelo]
m68k (epävirallinen siirros)	1.3.1+dfsg-6	248.5 kt	1,255.0 kt	[tiedostoluettelo]
mips64el	1.3.1+dfsg-6	225.2 kt	1,489.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64 (epävirallinen siirros)	1.3.1+dfsg-6	256.3 kt	1,560.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64el	1.3.1+dfsg-6	254.5 kt	1,432.0 kt	[tiedostoluettelo]
riscv64	1.3.1+dfsg-6	248.2 kt	1,176.0 kt	[tiedostoluettelo]
s390x	1.3.1+dfsg-6	247.8 kt	1,320.0 kt	[tiedostoluettelo]
sh4 (epävirallinen siirros)	1.3.1+dfsg-6	284.3 kt	1,304.0 kt	[tiedostoluettelo]
sparc64 (epävirallinen siirros)	1.3.1+dfsg-6	220.7 kt	1,503.0 kt	[tiedostoluettelo]
x32 (epävirallinen siirros)	1.3.1+dfsg-6+b1	261.3 kt	1,252.0 kt	[tiedostoluettelo]