Pakiet: maffilter (1.3.1+dfsg-6 i inne)

[ Pakiet źródłowy: maffilter  ]

process genome alignment in the Multiple Alignment Format

MafFilter applies a series of "filters" to a MAF file, in order to clean it, extract data and computer statistics while keeping track of the associated meta-data such as genome coordinates and quality scores.

 * It can process the alignment to remove low-quality / ambiguous /
   masked regions.
 * It can export data into a single or multiple alignment file in
   format such as Fasta or Clustal.
 * It can read annotation data in GFF or GTF format, and extract the
   corresponding alignment.
 * It can perform sliding windows calculations.
 * It can reconstruct phylogeny/genealogy along the genome alignment.
 * It can compute population genetics statistics, such as site
   frequency spectrum, number of fixed/polymorphic sites, etc.

Inne pakiety związane z maffilter

• dep: libboost-iostreams1.83.0 (>= 1.83.0)

  Biblioteka Boost.Iostreams

• dep: libbpp-core4t64 (>= 2.4.1)

  Bio++ Core library

• dep: libbpp-phyl-omics3t64 (>= 2.4.1)

  Bio++ Phylogenetics library: genomics components

• dep: libbpp-phyl12t64 (>= 2.4.1)

  Bio++ Phylogenetic library

• dep: libbpp-seq-omics3t64 (>= 2.4.1)

  Bio++ Sequence library: genomics components

• dep: libbpp-seq12t64 (>= 2.4.1)

  Bio++ Sequence library

• dep: libbz2-1.0 [sparc64]

  Wysokiej jakości biblioteka kompresji plików - wersja uruchomieniowa

• dep: libc6 (>= 2.34) [nie alpha, ia64, sh4]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  Biblioteka wspomagająca GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [nie alpha]

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

  dep: libstdc++6 (>= 14-20240221-2.1) [alpha]

• dep: libunwind8 [ia64]

  Biblioteka do ustalania łańcucha wywołań programu - środowisko uruchomieniowe

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [sparc64]

  Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

• sug: maffilter-examples

  process genome alignment in the Multiple Alignment Format (example data)

Pobieranie maffilter

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	1.3.1+dfsg-6	240,8 KiB	1 373,0 KiB	[lista plików]
amd64	1.3.1+dfsg-6	259,5 KiB	1 308,0 KiB	[lista plików]
arm64	1.3.1+dfsg-6+b1	238,6 KiB	1 369,0 KiB	[lista plików]
armel	1.3.1+dfsg-6	222,9 KiB	1 179,0 KiB	[lista plików]
armhf	1.3.1+dfsg-6	228,8 KiB	1 039,0 KiB	[lista plików]
hppa (port nieoficjalny)	1.3.1+dfsg-6	248,4 KiB	1 250,0 KiB	[lista plików]
i386	1.3.1+dfsg-6	266,2 KiB	1 271,0 KiB	[lista plików]
ia64 (port nieoficjalny)	1.3.1+dfsg-6	273,0 KiB	1 911,0 KiB	[lista plików]
m68k (port nieoficjalny)	1.3.1+dfsg-6	248,5 KiB	1 255,0 KiB	[lista plików]
mips64el	1.3.1+dfsg-6	225,2 KiB	1 489,0 KiB	[lista plików]
ppc64 (port nieoficjalny)	1.3.1+dfsg-6	256,3 KiB	1 560,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	1.3.1+dfsg-6	254,5 KiB	1 432,0 KiB	[lista plików]
riscv64	1.3.1+dfsg-6	248,2 KiB	1 176,0 KiB	[lista plików]
s390x	1.3.1+dfsg-6	247,8 KiB	1 320,0 KiB	[lista plików]
sh4 (port nieoficjalny)	1.3.1+dfsg-6	284,3 KiB	1 304,0 KiB	[lista plików]
sparc64 (port nieoficjalny)	1.3.1+dfsg-6	220,7 KiB	1 503,0 KiB	[lista plików]
x32 (port nieoficjalny)	1.3.1+dfsg-6+b1	261,3 KiB	1 252,0 KiB	[lista plików]