Пакунок: tiddit (2.12.0+dfsg-3 and others)

[ Source: tiddit  ]

structural variant calling

TIDDIT is a tool to used to identify chromosomal rearrangements using Mate Pair or Paired End sequencing data. TIDDIT identifies intra and inter- chromosomal translocations, deletions, tandem-duplications and inversions, using supplementary alignments as well as discordant pairs.

TIDDIT has two analysis modules. The sv mode, which is used to search for structural variants. And the cov mode that analyse the read depth of a bam file and generates a coverage report.

Інші пакунки пов'язані з tiddit

• dep: libbamtools2.5.1 (>= 2.5.1+dfsg)

  dynamic library for manipulating BAM (genome alignment) files

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.4) [not amd64, arm64, ppc64el]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not armel, armhf, i386, mipsel]

  Допоміжна бібліотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]

• dep: libstdc++6 (>= 5.2) [armel, armhf]

  Стандартна бібліотека C++ GNU, версії 3

  dep: libstdc++6 (>= 9) [not armel, armhf]

• dep: python3

  Інтерактивна обʼєктно-орієнтована мова високого рівня (типова версія „python3“)

  dep: python3 (<< 3.10)

  dep: python3 (>= 3.9~)

Завантажити tiddit

Завантаження для всіх доступних архітектур

Архітектура	Версія	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
amd64	2.12.0+dfsg-3+b1	245.1 kB	1,040.0 kB	[список файлів]
arm64	2.12.0+dfsg-3+b1	206.7 kB	835.0 kB	[список файлів]
armel	2.12.0+dfsg-3+b1	207.0 kB	810.0 kB	[список файлів]
armhf	2.12.0+dfsg-3+b1	213.0 kB	578.0 kB	[список файлів]
i386	2.12.0+dfsg-3+b1	239.5 kB	1,019.0 kB	[список файлів]
mips64el	2.12.0+dfsg-3+b1	199.4 kB	928.0 kB	[список файлів]
mipsel	2.12.0+dfsg-3+b1	203.4 kB	888.0 kB	[список файлів]
ppc64el	2.12.0+dfsg-3+b1	228.0 kB	1,168.0 kB	[список файлів]
s390x	2.12.0+dfsg-3+b1	200.7 kB	951.0 kB	[список файлів]