Balík: bali-phy (3.6.0+dfsg-1)

[ Zdroj: bali-phy  ]

Bayesian Inference of Alignment and Phylogeny

BAli-Phy estimates multiple sequence alignments and evolutionary trees from unaligned DNA, amino acid, or codon sequences. BAli-Phy uses MCMC to estimate evolutionary trees, positive selection, and branch lengths while averaging over alternative alignments. BAli-Phy can display alignment ambiguity graphically in an alignment uncertainty (AU) plot.

BAli-Phy can also estimate phylogenies from a fixed alignment (like MrBayes and BEAST) using substitution models like GTR+gamma. BAli-Phy automatically estimates relative rates for each gene.

Ostatné balíky súvisiace s balíkom bali-phy

• dep: libboost-chrono1.74.0 (>= 1.74.0)

  reprezentácia doby trvania, časového bodu a hodín v C++

• dep: libboost-filesystem1.74.0 (>= 1.74.0)

  operácie so súborovým systémom (portabilné cesty, prechádzanie adresárov atď.) v C++

• dep: libboost-program-options1.74.0 (>= 1.74.0)

  knižnica volieb programu pre C++

• dep: libboost-random1.74.0 (>= 1.74.0)

  knižnica Boost náhodných čísel

• dep: libc6 (>= 2.29)

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

• dep: libcairo2 (>= 1.4.10)

  2D vektorová grafická knižnica Cairo

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [s390x]

  podporná knižnica GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [amd64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel, ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64, mips64el]

• dep: libstdc++6 (>= 9)

  štandardná knižnica C++ GNU v3

• dep: perl

  Practical Extraction and Report Language od Larryho Walla

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• rec: gnuplot

  program na interaktívne kreslenie riadený z príkazového riadka
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

• rec: r-base

  GNU R statistical computation and graphics system

• sug: figtree

  graphical phylogenetic tree viewer

• sug: seaview

  Multiplatform interface for sequence alignment and phylogeny

Stiahnuť bali-phy

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
amd64	6,034.2 kB	35,682.0 kB	[zoznam súborov]
arm64	5,431.3 kB	32,438.0 kB	[zoznam súborov]
armel	4,564.5 kB	29,752.0 kB	[zoznam súborov]
armhf	4,260.7 kB	22,024.0 kB	[zoznam súborov]
i386	5,831.4 kB	35,044.0 kB	[zoznam súborov]
mips64el	5,573.4 kB	42,247.0 kB	[zoznam súborov]
mipsel	5,537.4 kB	40,464.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64el	6,131.2 kB	40,892.0 kB	[zoznam súborov]
s390x	4,991.8 kB	35,522.0 kB	[zoznam súborov]