Balík: tiddit (3.6.1+dfsg-2)

[ Zdroj: tiddit  ]

structural variant calling

TIDDIT is a tool to used to identify chromosomal rearrangements using Mate Pair or Paired End sequencing data. TIDDIT identifies intra and inter- chromosomal translocations, deletions, tandem-duplications and inversions, using supplementary alignments as well as discordant pairs.

TIDDIT has two analysis modules. The sv mode, which is used to search for structural variants. And the cov mode that analyse the read depth of a bam file and generates a coverage report.

Ostatné balíky súvisiace s balíkom tiddit

• dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

  dep: libc6 (>= 2.4) [nie arm64, ppc64el, riscv64]

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

  dep: python3 (<< 3.14)

  dep: python3 (>= 3.12~)

• dep: python3-joblib

  nástroje na nenáročnú tvorbu rúr v jazyku Python

• dep: python3-numpy

  Fast array facility to the Python language (Python 3)

• dep: python3-numpy2-abi0

  Balík nie je dostupný

  alebo python3-numpy-abi9

  virtuálny balík poskytovaný balíkom python3-numpy

• dep: python3-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

Stiahnuť tiddit

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
amd64	483.4 kB	2,559.0 kB	[zoznam súborov]
arm64	345.9 kB	2,407.0 kB	[zoznam súborov]
armel	375.0 kB	2,519.0 kB	[zoznam súborov]
armhf	392.1 kB	1,751.0 kB	[zoznam súborov]
i386	417.1 kB	2,543.0 kB	[zoznam súborov]
mips64el	326.5 kB	2,710.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64el	366.7 kB	2,983.0 kB	[zoznam súborov]
riscv64	403.9 kB	1,743.0 kB	[zoznam súborov]