Balík: mash (2.3+dfsg-6 a iné)

[ Zdroj: mash  ]

fast genome and metagenome distance estimation using MinHash

Mash uses MinHash locality-sensitive hashing to reduce large biosequences to a representative sketch and rapidly estimate pairwise distances between genomes or metagenomes. Mash sketch databases effectively delineate known species boundaries, allow construction of approximate phylogenies, and can be searched in seconds using assembled genomes or raw sequencing runs from Illumina, Pacific Biosciences, and Oxford Nanopore. For metagenomics, Mash scales to thousands of samples and can replicate Human Microbiome Project and Global Ocean Survey results in a fraction of the time.

Ostatné balíky súvisiace s balíkom mash

• dep: libc6 (>= 2.29) [hppa, m68k, sparc64, x32]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.30) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.34) [nie alpha, hppa, m68k, sh4, sparc64, x32]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6.1-udeb

• dep: libcapnp-0.7.0 [hppa, m68k, sh4, sparc64, x32]

  Cap'n Proto C++ library

• dep: libcapnp-1.0.1 [nie hppa, m68k, sh4, sparc64, x32]

  Cap'n Proto C++ library

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nie alpha, hppa, m68k, riscv64, sh4, sparc64]

  podporná knižnica GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [sh4]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.3) [sparc64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  podporná knižnica GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  podporná knižnica GCC

• dep: libgsl25 (>= 2.6) [hppa, m68k, sh4, sparc64, x32]

  Balík nie je dostupný

• dep: libgsl28 (>= 2.8+dfsg) [nie hppa, m68k, sh4, sparc64, x32]

  GNU Scientific Library (GSL) - balík knižnice

• dep: libgslcblas0 (>= 2.6) [hppa, m68k, sh4, sparc64]

  GNU Scientific Library (GSL) - balík knižnice blas

• dep: libmurmurhash2 (>= 0.2)

  Portable MurmurHash Implementation

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [nie hppa, m68k, sh4, sparc64, x32]

  štandardná knižnica C++ GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [hppa, m68k, sh4, sparc64, x32]

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  komprimačná knižnica - dynamická verzia

Stiahnuť mash

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Verzia	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
alpha (neoficiálny port)	2.3+dfsg-6+b1	176.8 kB	620.0 kB	[zoznam súborov]
amd64	2.3+dfsg-6+b1	187.7 kB	538.0 kB	[zoznam súborov]
arm64	2.3+dfsg-6+b1	165.4 kB	490.0 kB	[zoznam súborov]
hppa (neoficiálny port)	2.2.2+dfsg-1+b1	148.4 kB	418.0 kB	[zoznam súborov]
m68k (neoficiálny port)	2.2.2+dfsg-1+b1	141.0 kB	423.0 kB	[zoznam súborov]
mips64el	2.3+dfsg-6+b1	165.9 kB	635.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64 (neoficiálny port)	2.3+dfsg-6+b1	184.8 kB	618.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64el	2.3+dfsg-6+b1	184.5 kB	618.0 kB	[zoznam súborov]
riscv64	2.3+dfsg-6+b2	185.6 kB	402.0 kB	[zoznam súborov]
s390x	2.3+dfsg-6+b1	187.4 kB	546.0 kB	[zoznam súborov]
sh4 (neoficiálny port)	2.2.2+dfsg-1+b1	180.6 kB	400.0 kB	[zoznam súborov]
sparc64 (neoficiálny port)	2.2.2+dfsg-1+b1	123.1 kB	421.0 kB	[zoznam súborov]
x32 (neoficiálny port)	2.2.2+dfsg-1+b1	147.1 kB	407.0 kB	[zoznam súborov]