Balík: mummer (3.23+dfsg-8 a iné)

[ Zdroj: mummer  ]

Efficient sequence alignment of full genomes

MUMmer is a system for rapidly aligning entire genomes, whether in complete or draft form. For example, MUMmer 3.0 can find all 20-basepair or longer exact matches between a pair of 5-megabase genomes in 13.7 seconds, using 78 MB of memory, on a 2.4 GHz Linux desktop computer. MUMmer can also align incomplete genomes; it handles the 100s or 1000s of contigs from a shotgun sequencing project with ease, and will align them to another set of contigs or a genome using the NUCmer program included with the system. If the species are too divergent for DNA sequence alignment to detect similarity, then the PROmer program can generate alignments based upon the six-frame translations of both input sequences.

Značky: Pole: Biológia, Bioinformatika, Implementované v: implemented-in::c++, interface::commandline, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: use::comparing, works-with-format::TODO, Supports Format: Plain Text, Works with: Need an extra tag

Ostatné balíky súvisiace s balíkom mummer

• dep: gawk

  GNU awk, jazyk na hľadanie a spracovanie vzoriek

• dep: libc6 (>= 2.34) [nie alpha, arm64, ia64, sh4]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.36) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]

• dep: libc6.1 (>= 2.33) [alpha]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.36) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  podporná knižnica GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  podporná knižnica GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  podporná knižnica GCC

• dep: libstdc++6 (>= 11) [nie arm64, riscv64]

  štandardná knižnica C++ GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [arm64, riscv64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  nnižnica na určenie na určenie postupnosti volania programu - dynamické súbory

• dep: perl

  Practical Extraction and Report Language od Larryho Walla

Stiahnuť mummer

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Verzia	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
alpha (neoficiálny port)	3.23+dfsg-8	654.6 kB	3,963.0 kB	[zoznam súborov]
amd64	3.23+dfsg-8	646.2 kB	3,307.0 kB	[zoznam súborov]
arm64	3.23+dfsg-8+b1	628.2 kB	3,827.0 kB	[zoznam súborov]
armel	3.23+dfsg-8	616.5 kB	3,745.0 kB	[zoznam súborov]
armhf	3.23+dfsg-8	612.8 kB	3,361.0 kB	[zoznam súborov]
hppa (neoficiálny port)	3.23+dfsg-8	643.0 kB	3,175.0 kB	[zoznam súborov]
i386	3.23+dfsg-8	653.4 kB	3,297.0 kB	[zoznam súborov]
ia64 (neoficiálny port)	3.23+dfsg-8	702.7 kB	4,138.0 kB	[zoznam súborov]
m68k (neoficiálny port)	3.23+dfsg-8	633.3 kB	3,193.0 kB	[zoznam súborov]
mips64el	3.23+dfsg-8	651.6 kB	4,009.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64 (neoficiálny port)	3.23+dfsg-8	651.1 kB	4,083.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64el	3.23+dfsg-8	655.8 kB	4,019.0 kB	[zoznam súborov]
riscv64	3.23+dfsg-8+b1	648.4 kB	3,067.0 kB	[zoznam súborov]
s390x	3.23+dfsg-8	622.6 kB	3,286.0 kB	[zoznam súborov]
sh4 (neoficiálny port)	3.23+dfsg-8	655.9 kB	3,748.0 kB	[zoznam súborov]
sparc64 (neoficiálny port)	3.23+dfsg-8	621.6 kB	20,626.0 kB	[zoznam súborov]
x32 (neoficiálny port)	3.23+dfsg-8	643.1 kB	3,173.0 kB	[zoznam súborov]