Balík: bowtie2 (2.5.4-1 a iné)

[ Zdroj: bowtie2  ]

ultrafast memory-efficient short read aligner

is an ultrafast and memory-efficient tool for aligning sequencing reads to long reference sequences. It is particularly good at aligning reads of about 50 up to 100s or 1,000s of characters, and particularly good at aligning to relatively long (e.g. mammalian) genomes.

Bowtie 2 indexes the genome with an FM Index to keep its memory footprint small: for the human genome, its memory footprint is typically around 3.2 GB. Bowtie 2 supports gapped, local, and paired-end alignment modes

Značky: Biológia: Nucleic Acids, Pole: Biológia, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, User Interface: Príkazový riadok, Role: role::program, use::comparing, Works with: Biologické sekvencie

Ostatné balíky súvisiace s balíkom bowtie2

• dep: libc6 (>= 2.29) [m68k]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.31) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.33) [ppc64, sparc64]

  dep: libc6 (>= 2.38) [amd64, arm64, mips64el, ppc64el, riscv64]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nie amd64, ia64, m68k, sh4]

  podporná knižnica GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [amd64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64, sh4]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  podporná knižnica GCC

• dep: libstdc++6 (>= 11) [ppc64, sparc64]

  štandardná knižnica C++ GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [ia64]

  dep: libstdc++6 (>= 14) [nie ia64, m68k, ppc64, sh4, sparc64]

  dep: libstdc++6 (>= 9) [m68k, sh4]

• dep: libunwind8 [ia64]

  nnižnica na určenie na určenie postupnosti volania programu - dynamické súbory

• dep: perl

  Practical Extraction and Report Language od Larryho Walla

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

  komprimačná knižnica - dynamická verzia

• sug: bowtie2-examples

  Examples for bowtie2

Stiahnuť bowtie2

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Verzia	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
alpha (neoficiálny port)	2.5.4-1	1,614.6 kB	6,356.0 kB	[zoznam súborov]
amd64	2.5.4-1+b1	1,472.3 kB	5,941.0 kB	[zoznam súborov]
arm64	2.5.4-1+b1	1,370.2 kB	5,321.0 kB	[zoznam súborov]
ia64 (neoficiálny port)	2.5.1-1	2,341.5 kB	11,597.0 kB	[zoznam súborov]
m68k (neoficiálny port)	2.4.2-2+b1	1,202.1 kB	5,463.0 kB	[zoznam súborov]
mips64el	2.5.4-1+b1	1,416.1 kB	6,186.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64 (neoficiálny port)	2.4.5-1	1,346.4 kB	5,825.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64el	2.5.4-1+b1	1,520.0 kB	6,025.0 kB	[zoznam súborov]
riscv64	2.5.4-1+b1	1,638.7 kB	4,725.0 kB	[zoznam súborov]
sh4 (neoficiálny port)	2.4.2-2+b1	1,683.6 kB	4,651.0 kB	[zoznam súborov]
sparc64 (neoficiálny port)	2.4.5-1	1,197.3 kB	5,155.0 kB	[zoznam súborov]