Пакет: bali-phy (3.4+dfsg-1)

[ Источник: bali-phy  ]

Bayesian Inference of Alignment and Phylogeny

BAli-Phy estimates multiple sequence alignments and evolutionary trees from unaligned DNA, amino acid, or codon sequences. BAli-Phy uses MCMC to estimate evolutionary trees, positive selection, and branch lengths while averaging over alternative alignments. BAli-Phy can display alignment ambiguity graphically in an alignment uncertainty (AU) plot.

BAli-Phy can also estimate phylogenies from a fixed alignment (like MrBayes and BEAST) using substitution models like GTR+gamma. BAli-Phy automatically estimates relative rates for each gene.

Другие пакеты, относящиеся к bali-phy

• dep: libboost-chrono1.67.0

  C++ representation of time duration, time point, and clocks

• dep: libboost-filesystem1.67.0

  filesystem operations (portable paths, iteration over directories, etc) in C++

• dep: libboost-program-options1.67.0

  program options library for C++

• dep: libboost-random1.67.0

  Boost Random Number Library

• dep: libboost-system1.67.0

  Operating system (e.g. diagnostics support) library

• dep: libc6 (>= 2.23)

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

• dep: libcairo2 (>= 1.4.10)

  библиотека для двухмерной векторной графики Cairo

• dep: libgcc1 (>= 1:3.4) [amd64]

  вспомогательная библиотека GCC

  dep: libgcc1 (>= 1:3.5) [armhf]

  dep: libgcc1 (>= 1:4.2) [arm64, i386]

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

• dep: perl

  практический язык Ларри Уолла для извлечения данных и составления отчётов

• rec: gnuplot

  утилита для построения графиков с интерфейсом командной строки
  также виртуальный пакет, предоставляемый gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

• rec: r-base

  система статистических расчетов и построения графиков GNU R

• sug: figtree

  graphical phylogenetic tree viewer

• sug: seaview

  Multiplatform interface for sequence alignment and phylogeny

Загрузка bali-phy

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	5 017,5 Кб	25 561,0 Кб	[список файлов]
arm64	4 682,4 Кб	23 393,0 Кб	[список файлов]
armhf	3 939,7 Кб	15 849,0 Кб	[список файлов]
i386	4 913,3 Кб	25 392,0 Кб	[список файлов]