Paketti: canu (2.0+dfsg-1)

[ Source: canu  ]

single molecule sequence assembler for genomes

Canu is a fork of the Celera Assembler, designed for high-noise single-molecule sequencing (such as the PacBio RS II or Oxford Nanopore MinION).

Canu is a hierarchical assembly pipeline which runs in four steps:

 * Detect overlaps in high-noise sequences using MHAP
 * Generate corrected sequence consensus
 * Trim corrected sequences
 * Assemble trimmed corrected sequences

Muut pakettiin canu liittyvät paketit

• dep: gnuplot

  Command-line driven interactive plotting program.
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb

• dep: libfilesys-df-perl

  Module to obtain filesystem disk space information

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [ei armel, armhf, i386, mipsel]

  GCC:n apukirjasto

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]

• dep: libgomp1 (>= 6)

  GCC OpenMP (GOMP) support library

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  GNU standardi C++ -kirjasto, versio 3

• dep: mhap (>= 2.1.3)

  locality-sensitive hashing to detect long-read overlaps

• dep: perl

  Larry Wallin kieli tekstitiedostojen analysointia ja raportointia varten

• sug: nanopolish

  consensus caller for nanopore sequencing data

• sug: pbgenomicconsensus

  Paketti ei saatavilla

Imuroi canu

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille

Arkkitehtuuri	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
amd64	1,226.6 kt	9,210.0 kt	[tiedostoluettelo]
arm64	1,100.2 kt	8,667.0 kt	[tiedostoluettelo]
armel	1,075.7 kt	8,521.0 kt	[tiedostoluettelo]
armhf	1,101.1 kt	6,673.0 kt	[tiedostoluettelo]
i386	1,352.2 kt	10,418.0 kt	[tiedostoluettelo]
mips64el	1,342.8 kt	12,314.0 kt	[tiedostoluettelo]
mipsel	1,386.0 kt	11,249.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64el	1,218.4 kt	12,366.0 kt	[tiedostoluettelo]
s390x	1,072.7 kt	9,029.0 kt	[tiedostoluettelo]