Balík: canu (2.0+dfsg-1)

[ Zdroj: canu  ]

single molecule sequence assembler for genomes

Canu is a fork of the Celera Assembler, designed for high-noise single-molecule sequencing (such as the PacBio RS II or Oxford Nanopore MinION).

Canu is a hierarchical assembly pipeline which runs in four steps:

 * Detect overlaps in high-noise sequences using MHAP
 * Generate corrected sequence consensus
 * Trim corrected sequences
 * Assemble trimmed corrected sequences

Ostatné balíky súvisiace s balíkom canu

• dep: gnuplot

  program na interaktívne kreslenie riadený z príkazového riadka
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

• dep: libc6 (>= 2.29)

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

• dep: libfilesys-df-perl

  modul na zistenie informácií o mieste na disku

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nie armel, armhf, i386, mipsel]

  podporná knižnica GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]

• dep: libgomp1 (>= 6)

  podporná knižnica GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  štandardná knižnica C++ GNU v3

• dep: mhap (>= 2.1.3)

  locality-sensitive hashing to detect long-read overlaps

• dep: perl

  Practical Extraction and Report Language od Larryho Walla

• sug: nanopolish

  consensus caller for nanopore sequencing data

• sug: pbgenomicconsensus

  Balík nie je dostupný

Stiahnuť canu

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
amd64	1,226.6 kB	9,210.0 kB	[zoznam súborov]
arm64	1,100.2 kB	8,667.0 kB	[zoznam súborov]
armel	1,075.7 kB	8,521.0 kB	[zoznam súborov]
armhf	1,101.1 kB	6,673.0 kB	[zoznam súborov]
i386	1,352.2 kB	10,418.0 kB	[zoznam súborov]
mips64el	1,342.8 kB	12,314.0 kB	[zoznam súborov]
mipsel	1,386.0 kB	11,249.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64el	1,218.4 kB	12,366.0 kB	[zoznam súborov]
s390x	1,072.7 kB	9,029.0 kB	[zoznam súborov]