Pacote: sga (0.10.15-5)

[ Fonte: sga  ]

de novo genome assembler that uses string graphs

The major goal of SGA is to be very memory efficient, which is achieved by using a compressed representation of DNA sequence reads.

SGA is a de novo assembler for DNA sequence reads. It is based on Gene Myers' string graph formulation of assembly and uses the FM-index/Burrows-Wheeler transform to efficiently find overlaps between sequence reads.

Outros pacotes relacionados a sga

• dep: libbamtools2.5.1 (>= 2.5.1+dfsg)

  dynamic library for manipulating BAM (genome alignment) files

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64el]

  Pacote não disponível

  dep: libgcc1 (>= 1:3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc1 (>= 1:4.2) [mipsel]

  dep: libgcc1 (>= 1:7) [i386]

• dep: libgomp1 (>= 6)

  biblioteca de suporte ao GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 9)

  Biblioteca C++ padrão da GNU v3

• dep: python3

  linguagem orientada a objetos de alto nível e interativa (versão padrão da python3)

• dep: python3-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

• dep: python3-ruffus

  Python3 computation pipeline library widely used in bioinformatics

• dep: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  biblioteca de compressão - runtime (tempo de execução)

• rec: abyss (>= 2.0.2-1)

  montador sequencial, paralelo, de novo para leituras curtas

Download de sga

Baixe para todas as arquiteturas disponíveis

Arquitetura	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
amd64	815.0 kB	2,443.0 kB	[lista de arquivos]
arm64	591.0 kB	1,747.0 kB	[lista de arquivos]
armel	573.9 kB	1,710.0 kB	[lista de arquivos]
armhf	603.8 kB	1,258.0 kB	[lista de arquivos]
i386	878.4 kB	2,634.0 kB	[lista de arquivos]
mips64el	750.3 kB	3,008.0 kB	[lista de arquivos]
mipsel	788.6 kB	2,954.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64el	677.1 kB	2,239.0 kB	[lista de arquivos]