Pakiet: jellyfish (2.3.1-3 i inne)

[ Pakiet źródłowy: jellyfish  ]

count k-mers in DNA sequences

JELLYFISH is a tool for fast, memory-efficient counting of k-mers in DNA. A k-mer is a substring of length k, and counting the occurrences of all such substrings is a central step in many analyses of DNA sequence. JELLYFISH can count k-mers using an order of magnitude less memory and an order of magnitude faster than other k-mer counting packages by using an efficient encoding of a hash table and by exploiting the "compare-and-swap" CPU instruction to increase parallelism.

JELLYFISH is a command-line program that reads FASTA and multi-FASTA files containing DNA sequences. It outputs its k-mer counts in an binary format, which can be translated into a human-readable text format using the "jellyfish dump" command.

Inne pakiety związane z jellyfish

• dep: libc6 (>= 2.34) [hppa]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.38) [nie hppa, ia64]

• dep: libc6.1 (>= 2.31) [ia64]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nie hppa, ia64, riscv64]

  Biblioteka wspomagająca GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libhts3 (>= 1.10) [ia64]

  C library for high-throughput sequencing data formats

  dep: libhts3 (>= 1.17) [hppa]

• dep: libhts3t64 (>= 1.17) [nie hppa, ia64]

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libjellyfish-2.0-2 (= 2.3.0-12) [ia64]

  count k-mers in DNA sequences (dynamic library of jellyfish)

  dep: libjellyfish-2.0-2 (= 2.3.1-2+b1) [hppa]

  dep: libjellyfish-2.0-2 (= 2.3.1-3+b6) [nie hppa, ia64]

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [hppa]

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [nie hppa, ia64]

  dep: libstdc++6 (>= 9) [ia64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  Biblioteka do ustalania łańcucha wywołań programu - środowisko uruchomieniowe

Pobieranie jellyfish

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	2.3.1-3+b6	788,8 KiB	2 527,0 KiB	[lista plików]
arm64	2.3.1-3+b6	708,9 KiB	2 511,0 KiB	[lista plików]
hppa (port nieoficjalny)	2.3.1-2+b1	682,7 KiB	2 079,0 KiB	[lista plików]
ia64 (port nieoficjalny)	2.3.0-12	847,7 KiB	5 022,0 KiB	[lista plików]
mips64el	2.3.1-3+b6	658,3 KiB	3 082,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	2.3.1-3+b6	745,6 KiB	2 895,0 KiB	[lista plików]
riscv64	2.3.1-3+b6	755,1 KiB	1 963,0 KiB	[lista plików]