[ ソース: sga ]
パッケージ: sga (0.10.15-7 など)
de novo genome assembler that uses string graphs
The major goal of SGA is to be very memory efficient, which is achieved by using a compressed representation of DNA sequence reads.
SGA is a de novo assembler for DNA sequence reads. It is based on Gene Myers' string graph formulation of assembly and uses the FM-index/Burrows-Wheeler transform to efficiently find overlaps between sequence reads.
その他の sga 関連パッケージ
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- dep: libbamtools2.5.2 (>= 2.5.2+dfsg)
- dynamic library for manipulating BAM (genome alignment) files
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- dep: libc6 (>= 2.34)
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb
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- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64el]
- GCC 共有ライブラリ
- dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64]
- dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
- dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]
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- dep: libgomp1 (>= 6)
- GCC OpenMP (GOMP) サポートライブラリ
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- dep: libstdc++6 (>= 11) [riscv64 以外]
- GNU 標準 C++ ライブラリ v3
- dep: libstdc++6 (>= 13.1) [riscv64]
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- dep: perl
- Larry Wall 作の実用的な抽出とレポート用の言語
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- dep: python3
- interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
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- dep: python3-pysam
- interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)
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- dep: python3-ruffus
- Python3 computation pipeline library widely used in bioinformatics
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- dep: samtools
- processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats
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- dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)
- 圧縮ライブラリ - ランタイム
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- rec: abyss
- de novo, parallel, sequence assembler for short reads
sga のダウンロード
アーキテクチャ | バージョン | パッケージサイズ | インストールサイズ | ファイル |
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amd64 | 0.10.15-7+b1 | 812.5 kB | 2,432.0 kB | [ファイル一覧] |
arm64 | 0.10.15-7+b1 | 580.5 kB | 1,792.0 kB | [ファイル一覧] |
armel | 0.10.15-7+b1 | 564.3 kB | 1,727.0 kB | [ファイル一覧] |
armhf | 0.10.15-7+b1 | 582.9 kB | 1,279.0 kB | [ファイル一覧] |
i386 | 0.10.15-7+b1 | 876.3 kB | 2,607.0 kB | [ファイル一覧] |
mips64el | 0.10.15-7+b1 | 745.3 kB | 3,062.0 kB | [ファイル一覧] |
ppc64el | 0.10.15-7+b1 | 692.6 kB | 2,304.0 kB | [ファイル一覧] |
riscv64 | 0.10.15-7+b1 | 663.5 kB | 1,496.0 kB | [ファイル一覧] |