パッケージ: nanopolish (0.14.0-1)

[ ソース: nanopolish  ]

consensus caller for nanopore sequencing data

Nanopolish uses a signal-level hidden Markov model for consensus calling of nanopore genome sequencing data. It can perform signal-level analysis of Oxford Nanopore sequencing data. Nanopolish can calculate an improved consensus sequence for a draft genome assembly, detect base modifications, call SNPs and indels with respect to a reference genome and more.

その他の nanopolish 関連パッケージ

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1) [amd64, arm64, i386, mips64el]

  GCC 共有ライブラリ

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [mipsel]

• dep: libgomp1 (>= 6)

  GCC OpenMP (GOMP) サポートライブラリ

• dep: libhdf5-103-1

  HDF5 C runtime files - serial version

• dep: libhts3 (>= 1.10)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libslow5-0 (>= 0.5.1+dfsg)

  library for reading & writing SLOW5 files

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  GNU 標準 C++ ライブラリ v3

• dep: libstreamvbyte0 (>= 0.4.1)

  fast integer compression in C using the StreamVByte codec

• dep: perl

  Larry Wall 作の実用的な抽出とレポート用の言語

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  圧縮ライブラリ - ランタイム

• rec: python3-biopython

  Python3 library for bioinformatics

• rec: python3-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

• sug: make

  コンパイルを制御するユーティリティ

• sug: perl

  Larry Wall 作の実用的な抽出とレポート用の言語

nanopolish のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
amd64	2,150.9 kB	9,355.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	2,084.4 kB	9,218.0 kB	[ファイル一覧]
armel	2,082.3 kB	9,345.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	2,096.9 kB	8,961.0 kB	[ファイル一覧]
i386	2,167.9 kB	9,441.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	2,110.5 kB	9,655.0 kB	[ファイル一覧]
mipsel	2,128.5 kB	9,647.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	2,159.1 kB	9,667.0 kB	[ファイル一覧]