パッケージ: jellyfish (2.3.1-4 など)

[ ソース: jellyfish  ]

count k-mers in DNA sequences

JELLYFISH is a tool for fast, memory-efficient counting of k-mers in DNA. A k-mer is a substring of length k, and counting the occurrences of all such substrings is a central step in many analyses of DNA sequence. JELLYFISH can count k-mers using an order of magnitude less memory and an order of magnitude faster than other k-mer counting packages by using an efficient encoding of a hash table and by exploiting the "compare-and-swap" CPU instruction to increase parallelism.

JELLYFISH is a command-line program that reads FASTA and multi-FASTA files containing DNA sequences. It outputs its k-mer counts in an binary format, which can be translated into a human-readable text format using the "jellyfish dump" command.

その他の jellyfish 関連パッケージ

• dep: libc6 (>= 2.34) [hppa]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.38) [hppa, ia64 以外]

• dep: libc6.1 (>= 2.31) [ia64]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [hppa, ia64, riscv64 以外]

  GCC 共有ライブラリ

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC 共有ライブラリ

• dep: libhts3 (>= 1.10) [ia64]

  C library for high-throughput sequencing data formats

  dep: libhts3 (>= 1.17) [hppa]

• dep: libhts3t64 (>= 1.17) [hppa, ia64 以外]

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libjellyfish-2.0-2 (= 2.3.0-12) [ia64]

  count k-mers in DNA sequences (dynamic library of jellyfish)

  dep: libjellyfish-2.0-2 (= 2.3.1-2+b1) [hppa]

  dep: libjellyfish-2.0-2 (= 2.3.1-4+b1) [hppa, ia64 以外]

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [hppa]

  GNU 標準 C++ ライブラリ v3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [hppa, ia64 以外]

  dep: libstdc++6 (>= 9) [ia64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  プログラムのコールチェーン測定ライブラリ - ランタイム版

jellyfish のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
amd64	2.3.1-4+b1	788.6 kB	2,527.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	2.3.1-4+b1	709.1 kB	2,511.0 kB	[ファイル一覧]
hppa (非公式の移植版)	2.3.1-2+b1	682.7 kB	2,079.0 kB	[ファイル一覧]
ia64 (非公式の移植版)	2.3.0-12	847.7 kB	5,022.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	2.3.1-4+b1	665.5 kB	3,082.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	2.3.1-4+b1	746.0 kB	2,895.0 kB	[ファイル一覧]
riscv64	2.3.1-4+b1	755.3 kB	1,963.0 kB	[ファイル一覧]