パッケージ: blixem (4.44.1+dfsg-7.1 など)

[ ソース: seqtools  ]

interactive browser of sequence alignments

Blixem is an interactive browser of sequence alignments that have been stacked up in a "master-slave" multiple alignment; it is not a 'true' multiple alignment but a 'one-to-many' alignment.

 * Overview section showing the positions of genes and alignments around
   the alignment window
 * Detail section showing the actual alignment of protein or nucleotide
   sequences to the genomic DNA sequence.
 * View alignments against both strands of the reference sequence.
 * View sequences in nucleotide or protein mode; in protein mode, Blixem
   will display the three-frame translation of the reference sequence.
 * Residues are highlighted in different colours depending on whether
   they are an exact match, conserved substitution or mismatch.
 * Gapped alignments are supported, with insertions and deletions being
   highlighted in the match sequence.
 * Matches can be sorted and filtered.
 * SNPs and other variations can be highlighted in the reference
   sequence.
 * Poly(A) tails can be displayed and poly(A) signals highlighted in the
   reference sequence.

タグ: インタフェースツールキット: GTK

その他の blixem 関連パッケージ

• dep: libc6 (>= 2.38) [alpha, ia64, loong64, sh4 以外]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64, sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libcairo2 (>= 1.2.4)

  Cairo 二次元ベクトルグラフィックライブラリ

• dep: libcurl4 (>= 7.16.2) [ia64]

  使いやすいクライアントサイドの URL 転送ライブラリ (OpenSSL フレーバ)

• dep: libcurl4t64 (>= 7.16.2) [ia64 以外]

  使いやすいクライアントサイドの URL 転送ライブラリ (OpenSSL フレーバ)

• dep: libgbtools0t64 (>= 4.44.1+dfsg)

  library for visualising sequence alignments

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [armel, armhf, hppa, ia64, m68k 以外]

  GCC 共有ライブラリ

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC 共有ライブラリ

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC 共有ライブラリ

• dep: libglib2.0-0t64 (>= 2.75.3) [ia64]

  C ルーチンの GLib ライブラリ

  dep: libglib2.0-0t64 (>= 2.76.0) [ia64 以外]

• dep: libgtk2.0-0t64 (>= 2.14.0)

  GTK graphical user interface library - old version

• dep: libpango-1.0-0 (>= 1.14.0)

  国際化されたテキストのレイアウトと描画

• dep: libsqlite3-0 (>= 3.5.9)

  SQLite 3 共有ライブラリ

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  GNU 標準 C++ ライブラリ v3

• dep: libunwind8 [ia64]

  プログラムのコールチェーン測定ライブラリ - ランタイム版

blixem のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
alpha (非公式の移植版)	4.44.1+dfsg-7.1+b2	1,327.7 kB	2,430.0 kB	[ファイル一覧]
amd64	4.44.1+dfsg-7.1+b3	1,348.6 kB	2,220.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	4.44.1+dfsg-7.1+b3	1,312.6 kB	2,292.0 kB	[ファイル一覧]
armel	4.44.1+dfsg-7.1+b3	1,292.3 kB	2,160.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	4.44.1+dfsg-7.1+b3	1,298.2 kB	1,904.0 kB	[ファイル一覧]
hppa (非公式の移植版)	4.44.1+dfsg-7.1+b2	1,329.3 kB	2,182.0 kB	[ファイル一覧]
i386	4.44.1+dfsg-7.1+b3	1,360.9 kB	2,356.0 kB	[ファイル一覧]
ia64 (非公式の移植版)	4.44.1+dfsg-7.1	1,378.9 kB	3,243.0 kB	[ファイル一覧]
loong64 (非公式の移植版)	4.44.1+dfsg-7.1+b2	1,325.5 kB	2,290.0 kB	[ファイル一覧]
m68k (非公式の移植版)	4.44.1+dfsg-7.1+b2	1,336.6 kB	2,246.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	4.44.1+dfsg-7.1+b3	1,350.4 kB	2,634.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64 (非公式の移植版)	4.44.1+dfsg-7.1+b2	1,346.4 kB	2,676.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	4.44.1+dfsg-7.1+b3	1,348.3 kB	2,548.0 kB	[ファイル一覧]
riscv64	4.44.1+dfsg-7.1+b3	1,335.7 kB	2,016.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	4.44.1+dfsg-7.1+b3	1,322.5 kB	2,270.0 kB	[ファイル一覧]
sh4 (非公式の移植版)	4.44.1+dfsg-7.1+b2	1,359.4 kB	2,228.0 kB	[ファイル一覧]
sparc64 (非公式の移植版)	4.44.1+dfsg-7.1+b2	1,294.2 kB	3,224.0 kB	[ファイル一覧]
x32 (非公式の移植版)	4.44.1+dfsg-7.1+b2	1,347.9 kB	2,164.0 kB	[ファイル一覧]