Package: maffilter (1.3.1+dfsg-2 and others)

[ Source: maffilter  ]

elabora allineamenti di genoma in Multiple Alignment Format

MafFilter applica una serie di "filtri" a un file MAF per ripulirlo, estrarre dati e calcolare statistiche tenendo traccia dei metadati associati come coordinate del genoma e punteggi di qualità.

 * Può elaborare l'allineamento per rimuovere regioni con bassa qualità /
   ambigue / mascherate.
 * Può esportare i dati in un file di allineamenti multipli o singoli in
   formati come Fasta o Clustal.
 * Può leggere i dati delle annotazioni nel formato GFF o GTF ed estrarre
   l'allineamento corrispondente.
 * Può eseguire calcoli con finestre mobili.
 * Può ricostruire filogenie/genealogie insieme all'allineamento del
   genoma.
 * Può calcolare statistiche genetiche sulla popolazione come spettro di
   frequenza dei siti, numero di siti fissi/polimorfici, ecc.

Other Packages Related to maffilter

• dep: libboost-iostreams1.74.0 (>= 1.74.0)

  libreria Boost.Iostreams

• dep: libbpp-core4 (>= 2.4.1)

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• dep: libbpp-phyl-omics3 (>= 2.4.1)

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• dep: libbpp-phyl12 (>= 2.4.1)

  libreria filogenetica di Bio++

• dep: libbpp-seq-omics3 (>= 2.4.1)

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• dep: libbpp-seq12 (>= 2.4.1)

  libreria per sequenze di Bio++

• dep: libc6 (>= 2.1.3) [i386]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.2) [mips64el, mipsel, s390x]

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  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libstdc++6 (>= 5.2) [armel, armhf]

  libreria GNU Standard C++, versione 3

  dep: libstdc++6 (>= 9) [not armel, armhf]

• sug: maffilter-examples

  elabora allineamenti di genoma in Multiple Alignment Format (dati d'esempio)

Download maffilter

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
amd64	1.3.1+dfsg-2+b1	255.5 kB	1,321.0 kB	[list of files]
arm64	1.3.1+dfsg-2+b1	235.9 kB	1,281.0 kB	[list of files]
armel	1.3.1+dfsg-2+b1	218.3 kB	1,148.0 kB	[list of files]
armhf	1.3.1+dfsg-2+b1	223.5 kB	1,020.0 kB	[list of files]
i386	1.3.1+dfsg-2+b1	262.6 kB	1,300.0 kB	[list of files]
mips64el	1.3.1+dfsg-2+b1	220.0 kB	1,456.0 kB	[list of files]
mipsel	1.3.1+dfsg-2+b1	222.4 kB	1,385.0 kB	[list of files]
ppc64el	1.3.1+dfsg-2+b1	254.2 kB	1,433.0 kB	[list of files]
s390x	1.3.1+dfsg-2+b1	234.7 kB	1,333.0 kB	[list of files]