Package: last-align (1609-1 and others)
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Maintainers:
- Debian Med Packaging Team (QA Page, Mail Archive)
- Charles Plessy (QA Page)
- Andreas Tille (QA Page)
- Nilesh Patra (QA Page)
External Resources:
- Homepage [gitlab.com]
Similar packages:
confronto di sequenze biologiche su scala genomica
LAST è un software per confrontare ed allineare sequenze, tipicamente DNA o sequenze proteiche. LAST è simile a BLAST, ma gestisce meglio quantità molto grandi di dati di sequenza. Ci sono due cose che LAST fa molto bene:
* confrontare grandi genomi (ad esempio di mammiferi); * mappare molte etichette di sequenza su un genoma.
La principale innovazione tecnica è che LAST trova le corrispondenze iniziali in base alla loro molteplicità, invece di usare una dimensione fissa (BLAST ad esempio usa 10-meri). Ciò permette di mappare etichette su genomi senza fare la mascheratura delle ripetizioni e senza essere sopraffatti dalle corrispondenze ripetitive. Per trovare queste corrispondenze di dimensione variabile usa un array di suffissi (ispirato a Vmatch). Per ottenere un'alta sensibilità usa un array di suffissi non contigui, analogo a seed non consecutivi.
Other Packages Related to last-align
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- dep: libc6 (>= 2.29) [x32]
- Libreria C GNU: librerie condivise
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- dep: libc6 (>= 2.38) [not alpha, ia64, sh4, x32]
- dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]
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- dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
- Libreria C GNU: librerie condivise
also a virtual package provided by libc6.1-udeb
- dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]
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- dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]
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- dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]
- libreria di supporto a GCC
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- dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]
- libreria di supporto a GCC
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- dep: libstdc++6 (>= 6) [x32]
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-
- dep: python3 [not x32]
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-
- dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [not armel, armhf, hppa, m68k, sh4]
- libreria di compressione - runtime
- dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf, hppa, m68k, sh4]
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- rec: parallel
- crea ed esegue righe di comando dallo standard input in parallelo
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- rec: python3 [x32]
- linguaggio interattivo di alto livello orientato agli oggetti (versione python3 predefinita)
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- rec: python3-pil
- Python Imaging Library (Python3)
Download last-align
Architecture | Version | Package Size | Installed Size | Files |
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alpha (unofficial port) | 1609-1 | 768.3 kB | 2,917.0 kB | [list of files] |
amd64 | 1609-1 | 1,797.5 kB | 15,283.0 kB | [list of files] |
arm64 | 1609-1 | 706.4 kB | 2,398.0 kB | [list of files] |
armel | 1608-1 | 686.1 kB | 2,393.0 kB | [list of files] |
armhf | 1608-1 | 679.6 kB | 1,945.0 kB | [list of files] |
hppa (unofficial port) | 1608-1 | 765.0 kB | 2,424.0 kB | [list of files] |
i386 | 1608-1 | 2,252.0 kB | 17,855.0 kB | [list of files] |
ia64 (unofficial port) | 1542-1 | 901.5 kB | 4,395.0 kB | [list of files] |
m68k (unofficial port) | 1608-1 | 725.3 kB | 2,849.0 kB | [list of files] |
mips64el | 1609-1 | 738.6 kB | 2,976.0 kB | [list of files] |
ppc64 (unofficial port) | 1609-1 | 772.1 kB | 3,039.0 kB | [list of files] |
ppc64el | 1609-1 | 796.7 kB | 2,975.0 kB | [list of files] |
riscv64 | 1609-1 | 761.5 kB | 2,023.0 kB | [list of files] |
s390x | 1609-1 | 834.0 kB | 2,822.0 kB | [list of files] |
sh4 (unofficial port) | 1608-1 | 837.8 kB | 2,585.0 kB | [list of files] |
sparc64 (unofficial port) | 1609-1 | 686.9 kB | 6,829.0 kB | [list of files] |
x32 (unofficial port) | 1179-1 | 781.3 kB | 4,097.0 kB | [list of files] |