Package: last-align (1542-1 and others)

[ Source: last-align  ]

confronto di sequenze biologiche su scala genomica

LAST è un software per confrontare ed allineare sequenze, tipicamente DNA o sequenze proteiche. LAST è simile a BLAST, ma gestisce meglio quantità molto grandi di dati di sequenza. Ci sono due cose che LAST fa molto bene:

 * confrontare grandi genomi (ad esempio di mammiferi);
 * mappare molte etichette di sequenza su un genoma.

La principale innovazione tecnica è che LAST trova le corrispondenze iniziali in base alla loro molteplicità, invece di usare una dimensione fissa (BLAST ad esempio usa 10-meri). Ciò permette di mappare etichette su genomi senza fare la mascheratura delle ripetizioni e senza essere sopraffatti dalle corrispondenze ripetitive. Per trovare queste corrispondenze di dimensione variabile usa un array di suffissi (ispirato a Vmatch). Per ottenere un'alta sensibilità usa un array di suffissi non contigui, analogo a seed non consecutivi.

Tags: Biology: Nucleic Acids, Field: Biology, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, Role: Program

Other Packages Related to last-align

• dep: libc6 (>= 2.29) [x32]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.38) [not alpha, ia64, sh4, x32]

  dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  libreria di supporto a GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, ia64, sh4]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  libreria di supporto a GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  libreria di supporto a GCC

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [not x32]

  libreria GNU Standard C++, versione 3

  dep: libstdc++6 (>= 6) [x32]

• dep: libunwind8 [ia64]

  libreria per tracciare la catena di chiamate di un programma - runtime

• dep: python3 [not x32]

  linguaggio interattivo di alto livello orientato agli oggetti (versione python3 predefinita)

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [not armel, armhf, hppa, m68k, sh4]

  libreria di compressione - runtime

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf, hppa, m68k, sh4]

• rec: parallel

  crea ed esegue righe di comando dallo standard input in parallelo

• rec: python3 [x32]

  linguaggio interattivo di alto livello orientato agli oggetti (versione python3 predefinita)

• rec: python3-pil

  Python Imaging Library (Python3)

Download last-align

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	1542-1+b1	728.3 kB	2,809.0 kB	[list of files]
amd64	1542-1+b2	1,746.0 kB	15,083.0 kB	[list of files]
arm64	1542-1+b2	666.2 kB	2,290.0 kB	[list of files]
armel	1542-1+b2	649.9 kB	2,349.0 kB	[list of files]
armhf	1542-1+b2	644.3 kB	1,837.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	1542-1+b2	725.9 kB	2,300.0 kB	[list of files]
i386	1542-1+b2	2,192.9 kB	17,623.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	1542-1	901.5 kB	4,395.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	1542-1+b2	685.3 kB	2,709.0 kB	[list of files]
mips64el	1542-1+b2	700.2 kB	2,868.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	1542-1+b2	733.4 kB	2,931.0 kB	[list of files]
ppc64el	1542-1+b2	756.8 kB	2,866.0 kB	[list of files]
riscv64	1542-1+b2	720.9 kB	1,902.0 kB	[list of files]
s390x	1542-1+b2	794.3 kB	2,702.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	1542-1+b2	796.5 kB	2,477.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	1542-1+b2	647.0 kB	6,721.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	1179-1	781.3 kB	4,097.0 kB	[list of files]