Pacote: last-align (1609-1 e outros)

[ Fonte: last-align  ]

genome-scale comparison of biological sequences

LAST is software for comparing and aligning sequences, typically DNA or protein sequences. LAST is similar to BLAST, but it copes better with very large amounts of sequence data. Here are two things LAST is good at:

 * Comparing large (e.g. mammalian) genomes.
 * Mapping lots of sequence tags onto a genome.

The main technical innovation is that LAST finds initial matches based on their multiplicity, instead of using a fixed size (e.g. BLAST uses 10-mers). This allows one to map tags to genomes without repeat-masking, without becoming overwhelmed by repetitive hits. To find these variable-sized matches, it uses a suffix array (inspired by Vmatch). To achieve high sensitivity, it uses a discontiguous suffix array, analogous to spaced seeds.

Etiquetas: Biologia: Ácidos nucleicos, Campo: Biologia, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, Função: Programa

Outros pacotes relacionados a last-align

• dep: libc6 (>= 2.29) [x32]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
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  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64, sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [não alpha, hppa, ia64, m68k, riscv64, sh4, sparc64]

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  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]

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• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Biblioteca de suporte GCC

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  Biblioteca de suporte GCC

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• dep: python3 [não x32]

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [não hppa, m68k, sh4]

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• rec: parallel

  construir e executar linhas de comando da entrada padrão em paralelo

• rec: python3 [x32]

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• rec: python3-pil

  biblioteca de imagens Python (Python3)

Download de last-align

Baixe para todas as arquiteturas disponíveis

Arquitetura	Versão	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
alpha (porte não oficial)	1609-1	768.3 kB	2,917.0 kB	[lista de arquivos]
amd64	1609-1+b1	1,788.9 kB	15,312.0 kB	[lista de arquivos]
arm64	1609-1+b1	705.9 kB	2,399.0 kB	[lista de arquivos]
hppa (porte não oficial)	1608-1	765.0 kB	2,424.0 kB	[lista de arquivos]
ia64 (porte não oficial)	1542-1	901.5 kB	4,395.0 kB	[lista de arquivos]
loong64 (porte não oficial)	1609-1	762.4 kB	2,718.0 kB	[lista de arquivos]
m68k (porte não oficial)	1608-1	725.3 kB	2,849.0 kB	[lista de arquivos]
mips64el	1609-1+b1	739.6 kB	2,977.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64 (porte não oficial)	1609-1	772.1 kB	3,039.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64el	1609-1+b1	796.9 kB	2,976.0 kB	[lista de arquivos]
riscv64	1609-1+b1	762.3 kB	2,020.0 kB	[lista de arquivos]
s390x	1609-1+b1	834.2 kB	2,823.0 kB	[lista de arquivos]
sh4 (porte não oficial)	1608-1	837.8 kB	2,585.0 kB	[lista de arquivos]
sparc64 (porte não oficial)	1609-1	686.9 kB	6,829.0 kB	[lista de arquivos]
x32 (porte não oficial)	1179-1	781.3 kB	4,097.0 kB	[lista de arquivos]