Balík: last-align (1542-1 a iné)

[ Zdroj: last-align  ]

genome-scale comparison of biological sequences

LAST is software for comparing and aligning sequences, typically DNA or protein sequences. LAST is similar to BLAST, but it copes better with very large amounts of sequence data. Here are two things LAST is good at:

 * Comparing large (e.g. mammalian) genomes.
 * Mapping lots of sequence tags onto a genome.

The main technical innovation is that LAST finds initial matches based on their multiplicity, instead of using a fixed size (e.g. BLAST uses 10-mers). This allows one to map tags to genomes without repeat-masking, without becoming overwhelmed by repetitive hits. To find these variable-sized matches, it uses a suffix array (inspired by Vmatch). To achieve high sensitivity, it uses a discontiguous suffix array, analogous to spaced seeds.

Značky: Biológia: Nucleic Acids, Pole: Biológia, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, Role: Program

Ostatné balíky súvisiace s balíkom last-align

• dep: libc6 (>= 2.29) [x32]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.38) [nie alpha, ia64, sh4, x32]

  dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  podporná knižnica GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, ia64, sh4]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  podporná knižnica GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  podporná knižnica GCC

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [nie x32]

  štandardná knižnica C++ GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 6) [x32]

• dep: libunwind8 [ia64]

  nnižnica na určenie na určenie postupnosti volania programu - dynamické súbory

• dep: python3 [nie x32]

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [nie armel, armhf, hppa, m68k, sh4]

  komprimačná knižnica - dynamická verzia

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf, hppa, m68k, sh4]

• rec: parallel

  príprava a paralelné spúšťanie príkazových riadkov zo štandardného vstupu

• rec: python3 [x32]

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• rec: python3-pil

  Python Imaging Library - Python3

Stiahnuť last-align

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Verzia	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
alpha (neoficiálny port)	1542-1+b1	728.3 kB	2,809.0 kB	[zoznam súborov]
amd64	1542-1+b2	1,746.0 kB	15,083.0 kB	[zoznam súborov]
arm64	1542-1+b2	666.2 kB	2,290.0 kB	[zoznam súborov]
armel	1542-1+b2	649.9 kB	2,349.0 kB	[zoznam súborov]
armhf	1542-1+b2	644.3 kB	1,837.0 kB	[zoznam súborov]
hppa (neoficiálny port)	1542-1+b2	725.9 kB	2,300.0 kB	[zoznam súborov]
i386	1542-1+b2	2,192.9 kB	17,623.0 kB	[zoznam súborov]
ia64 (neoficiálny port)	1542-1	901.5 kB	4,395.0 kB	[zoznam súborov]
m68k (neoficiálny port)	1542-1+b2	685.3 kB	2,709.0 kB	[zoznam súborov]
mips64el	1542-1+b2	700.2 kB	2,868.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64 (neoficiálny port)	1542-1+b2	733.4 kB	2,931.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64el	1542-1+b2	756.8 kB	2,866.0 kB	[zoznam súborov]
riscv64	1542-1+b2	720.9 kB	1,902.0 kB	[zoznam súborov]
s390x	1542-1+b2	794.3 kB	2,702.0 kB	[zoznam súborov]
sh4 (neoficiálny port)	1542-1+b2	796.5 kB	2,477.0 kB	[zoznam súborov]
sparc64 (neoficiálny port)	1542-1+b2	647.0 kB	6,721.0 kB	[zoznam súborov]
x32 (neoficiálny port)	1179-1	781.3 kB	4,097.0 kB	[zoznam súborov]