Package: last-align (1609-1 and others)

[ Source: last-align  ]

confronto di sequenze biologiche su scala genomica

LAST è un software per confrontare ed allineare sequenze, tipicamente DNA o sequenze proteiche. LAST è simile a BLAST, ma gestisce meglio quantità molto grandi di dati di sequenza. Ci sono due cose che LAST fa molto bene:

 * confrontare grandi genomi (ad esempio di mammiferi);
 * mappare molte etichette di sequenza su un genoma.

La principale innovazione tecnica è che LAST trova le corrispondenze iniziali in base alla loro molteplicità, invece di usare una dimensione fissa (BLAST ad esempio usa 10-meri). Ciò permette di mappare etichette su genomi senza fare la mascheratura delle ripetizioni e senza essere sopraffatti dalle corrispondenze ripetitive. Per trovare queste corrispondenze di dimensione variabile usa un array di suffissi (ispirato a Vmatch). Per ottenere un'alta sensibilità usa un array di suffissi non contigui, analogo a seed non consecutivi.

Tags: Biology: Nucleic Acids, Field: Biology, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, Role: Program

Other Packages Related to last-align

• dep: libc6 (>= 2.38)

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not riscv64]

  libreria di supporto a GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64]

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  libreria GNU Standard C++, versione 3

• dep: python3

  linguaggio interattivo di alto livello orientato agli oggetti (versione python3 predefinita)

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  libreria di compressione - runtime

• rec: parallel

  crea ed esegue righe di comando dallo standard input in parallelo

• rec: python3-pil

  Python Imaging Library (Python3)

Download last-align

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Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
amd64	1609-1+b1	1,788.9 kB	15,312.0 kB	[list of files]
arm64	1609-1+b1	705.9 kB	2,399.0 kB	[list of files]
mips64el	1609-1+b1	739.6 kB	2,977.0 kB	[list of files]
ppc64el	1609-1+b1	796.9 kB	2,976.0 kB	[list of files]
riscv64	1609-1+b1	762.3 kB	2,020.0 kB	[list of files]
s390x	1609-1+b1	834.2 kB	2,823.0 kB	[list of files]