Package: last-align (1609-1 and others)

[ Source: last-align  ]

sammenligning af biologisk sekvenser på genom-skala

LAST er programmel til sammenligning og justering af sekvenser, typisk DNA- eller protein-sekvenser. LAST ligner BLAST, men det er bedre til at håndtere meget store mængder af sekvensdata. Her er to ting som LAST er god til:

 * Sammenligning af store (eksempelvis pattedyrs) genomer.
 * Kortlægge masser af sekvens-mærker oven på et genom.

Den primære, tekniske innovation er at LAST finder indledende samstemmende forekomster, baseret på deres mangfoldighed, i stedet for at benytte en fast størrelse (BLAST bruger eksempelvis 10-mers). Dette gør, at man kan kortlægge mærker til genomer, uden gentagelsesmaskering (eng. »repeat- masking«), uden at blive overvældet af gentagne forekomster. For at finde disse forekomster som har forskellige størrelser, så bruger den en suffiks- række (inspireret af Vmatch). For at opnå høj følsomhed, så bruger den en usammenhængende suffiks-række, der er en analog til frø som placeres med mellemrum.

Tags: Biology: Nucleic Acids, Field: Biology, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, Role: Program

Other Packages Related to last-align

• dep: libc6 (>= 2.29) [x32]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.38) [not alpha, ia64, loong64, sh4, x32]

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64, sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not alpha, hppa, ia64, m68k, riscv64, sh4, sparc64]

  GCC støttebibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64, sh4]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC støttebibliotek

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC støttebibliotek

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [not x32]

  GNU Standard C++ bibliotek v3

  dep: libstdc++6 (>= 6) [x32]

• dep: libunwind8 [ia64]

  Bibliotek til at bestemme call-chain for et program - kørselstid

• dep: python3 [not x32]

  Interaktivt objektorienteret højniveausprog - standardversion af Python 3

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [not hppa, m68k, sh4]

  Komprimeringsbibliotek - kørselstid

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [hppa, m68k, sh4]

• rec: parallel

  Byg og afvikl kommandolinjer fra standardind parallelt

• rec: python3 [x32]

  Interaktivt objektorienteret højniveausprog - standardversion af Python 3

• rec: python3-pil

  Python Imaging Library - Python3

Download last-align

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	1609-1	768.3 kB	2,917.0 kB	[list of files]
amd64	1609-1+b1	1,788.9 kB	15,312.0 kB	[list of files]
arm64	1609-1+b1	705.9 kB	2,399.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	1608-1	765.0 kB	2,424.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	1542-1	901.5 kB	4,395.0 kB	[list of files]
loong64 (unofficial port)	1609-1	762.4 kB	2,718.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	1608-1	725.3 kB	2,849.0 kB	[list of files]
mips64el	1609-1+b1	739.6 kB	2,977.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	1609-1	772.1 kB	3,039.0 kB	[list of files]
ppc64el	1609-1+b1	796.9 kB	2,976.0 kB	[list of files]
riscv64	1609-1+b1	762.3 kB	2,020.0 kB	[list of files]
s390x	1609-1+b1	834.2 kB	2,823.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	1608-1	837.8 kB	2,585.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	1609-1	686.9 kB	6,829.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	1179-1	781.3 kB	4,097.0 kB	[list of files]