Пакет: last-align (1608-1 и други)

[ Източник: last-align  ]

genome-scale comparison of biological sequences

LAST is software for comparing and aligning sequences, typically DNA or protein sequences. LAST is similar to BLAST, but it copes better with very large amounts of sequence data. Here are two things LAST is good at:

 * Comparing large (e.g. mammalian) genomes.
 * Mapping lots of sequence tags onto a genome.

The main technical innovation is that LAST finds initial matches based on their multiplicity, instead of using a fixed size (e.g. BLAST uses 10-mers). This allows one to map tags to genomes without repeat-masking, without becoming overwhelmed by repetitive hits. To find these variable-sized matches, it uses a suffix array (inspired by Vmatch). To achieve high sensitivity, it uses a discontiguous suffix array, analogous to spaced seeds.

Етикети: Biology: Nucleic Acids, Field: Biology, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, Role: Program

Други пакети, свързани с last-align

• dep: libc6 (>= 2.29) [x32]

  GNU C Library: Shared libraries
  също и виртуален пакет, предлаган от libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.38) [не alpha, ia64, sh4, x32]

  dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  GNU C Library: Shared libraries
  също и виртуален пакет, предлаган от libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  GCC support library

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, ia64, sh4]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC support library

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC support library

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [не x32]

  GNU Standard C++ Library v3

  dep: libstdc++6 (>= 6) [x32]

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• dep: python3 [не x32]

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [не armel, armhf, hppa, m68k, sh4]

  compression library - runtime

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf, hppa, m68k, sh4]

• rec: parallel

  build and execute command lines from standard input in parallel

• rec: python3 [x32]

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• rec: python3-pil

  Python Imaging Library (Python3)

Изтегляне на last-align

Изтегляне за всички налични архитектури

Архитектура	Версия	Големина на пакета	Големина след инсталиране	Файлове
alpha (неофициална архитектура)	1608-1	768,1 кБ	2 917,0 кБ	[списък на файловете]
amd64	1608-1+b1	1 797,3 кБ	15 284,0 кБ	[списък на файловете]
arm64	1608-1	706,1 кБ	2 398,0 кБ	[списък на файловете]
armel	1608-1	686,1 кБ	2 393,0 кБ	[списък на файловете]
armhf	1608-1	679,6 кБ	1 945,0 кБ	[списък на файловете]
hppa (неофициална архитектура)	1608-1	765,0 кБ	2 424,0 кБ	[списък на файловете]
i386	1608-1	2 252,0 кБ	17 855,0 кБ	[списък на файловете]
ia64 (неофициална архитектура)	1542-1	901,5 кБ	4 395,0 кБ	[списък на файловете]
m68k (неофициална архитектура)	1608-1	725,3 кБ	2 849,0 кБ	[списък на файловете]
mips64el	1608-1	738,9 кБ	2 976,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64 (неофициална архитектура)	1608-1	771,9 кБ	3 039,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64el	1608-1	796,7 кБ	2 975,0 кБ	[списък на файловете]
riscv64	1608-1	761,2 кБ	2 023,0 кБ	[списък на файловете]
s390x	1608-1	833,1 кБ	2 822,0 кБ	[списък на файловете]
sh4 (неофициална архитектура)	1608-1	837,8 кБ	2 585,0 кБ	[списък на файловете]
sparc64 (неофициална архитектура)	1608-1	686,9 кБ	6 829,0 кБ	[списък на файловете]
x32 (неофициална архитектура)	1179-1	781,3 кБ	4 097,0 кБ	[списък на файловете]