Paket: last-align (1542-1 und andere)

[ Quellcode: last-align  ]

Vergleich biologischer Sequenzen für Genome

LAST ist eine Software für den Vergleich und die Alignierung von Sequenzen, in der Regel DNA- oder Protein-Sequenzen. LAST ähnelt BLAST, kommt jedoch besser mit sehr großen Mengen an Sequenzdaten zurecht. Hier sind zwei Dinge, die LAST gut beherrscht:

 * Vergleich großer Genome (z.B. von Säugetieren).
 * Kartierung viele Sequenz-Markierungen auf einem Genom.

Die wichtigste technische Neuerung ist, dass LAST erste Übereinstimmungen auf der Grundlage ihrer Vielfachheit findet, anstatt eine feste Größe zu verwenden (z.B. verwendet BLAST 10-mere). Dies ermöglicht es, Markierungen (Tags) ohne wiederholte Maskierung (repeat-masking) auf Genome anzuwenden, ohne durch wiederholte Treffer überschüttet zu werden. Um diese Übereinstimmungen variabler Größe zu finden, verwendet es ein von Vmatch inspiriertes Suffix-Array. Um eine hohe Empfindlichkeit zu erreichen, verwendet LAST ein nicht zusammenhängendes Suffix-Array, analog zu »spaced seeds«.

Markierungen: Biologie: Nukleinsäuren, Feld: Biologie, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, Rolle: Programm

Andere Pakete mit Bezug zu last-align

• dep: libc6 (>= 2.29) [x32]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.38) [nicht alpha, ia64, sh4, x32]

  dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  GCC Support-Bibliothek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, ia64, sh4]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC Support-Bibliothek

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC Support-Bibliothek

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [nicht x32]

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

  dep: libstdc++6 (>= 6) [x32]

• dep: libunwind8 [ia64]

  Bibliothek zur Ermittlung der Aufrufkette eines Programms - Laufzeit

• dep: python3 [nicht x32]

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [nicht armel, armhf, hppa, m68k, sh4]

  Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf, hppa, m68k, sh4]

• rec: parallel

  build and execute command lines from standard input in parallel

• rec: python3 [x32]

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• rec: python3-pil

  Python3-Bildbearbeitungsbibliothek

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Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
alpha (inoffizielle Portierung)	1542-1+b1	728,3 kB	2.809,0 kB	[Liste der Dateien]
amd64	1542-1+b2	1.746,0 kB	15.083,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	1542-1+b2	666,2 kB	2.290,0 kB	[Liste der Dateien]
armel	1542-1+b2	649,9 kB	2.349,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	1542-1+b2	644,3 kB	1.837,0 kB	[Liste der Dateien]
hppa (inoffizielle Portierung)	1542-1+b2	725,9 kB	2.300,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	1542-1+b2	2.192,9 kB	17.623,0 kB	[Liste der Dateien]
ia64 (inoffizielle Portierung)	1542-1	901,5 kB	4.395,0 kB	[Liste der Dateien]
m68k (inoffizielle Portierung)	1542-1+b2	685,3 kB	2.709,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	1542-1+b2	700,2 kB	2.868,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64 (inoffizielle Portierung)	1542-1+b2	733,4 kB	2.931,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	1542-1+b2	756,8 kB	2.866,0 kB	[Liste der Dateien]
riscv64	1542-1+b2	720,9 kB	1.902,0 kB	[Liste der Dateien]
s390x	1542-1+b2	794,3 kB	2.702,0 kB	[Liste der Dateien]
sh4 (inoffizielle Portierung)	1542-1+b2	796,5 kB	2.477,0 kB	[Liste der Dateien]
sparc64 (inoffizielle Portierung)	1542-1+b2	647,0 kB	6.721,0 kB	[Liste der Dateien]
x32 (inoffizielle Portierung)	1179-1	781,3 kB	4.097,0 kB	[Liste der Dateien]