Package: last-align (1447-1 and others)
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Debian Resources:
Download Source Package last-align:
Maintainers:
- Debian Med Packaging Team (QA Page, Mail Archive)
- Charles Plessy (QA Page)
- Andreas Tille (QA Page)
- Nilesh Patra (QA Page)
External Resources:
- Homepage [gitlab.com]
Similar packages:
confronto di sequenze biologiche su scala genomica
LAST è un software per confrontare ed allineare sequenze, tipicamente DNA o sequenze proteiche. LAST è simile a BLAST, ma gestisce meglio quantità molto grandi di dati di sequenza. Ci sono due cose che LAST fa molto bene:
* confrontare grandi genomi (ad esempio di mammiferi); * mappare molte etichette di sequenza su un genoma.
La principale innovazione tecnica è che LAST trova le corrispondenze iniziali in base alla loro molteplicità, invece di usare una dimensione fissa (BLAST ad esempio usa 10-meri). Ciò permette di mappare etichette su genomi senza fare la mascheratura delle ripetizioni e senza essere sopraffatti dalle corrispondenze ripetitive. Per trovare queste corrispondenze di dimensione variabile usa un array di suffissi (ispirato a Vmatch). Per ottenere un'alta sensibilità usa un array di suffissi non contigui, analogo a seed non consecutivi.
Other Packages Related to last-align
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- dep: libc6 (>= 2.34)
- Libreria C GNU: librerie condivise
also a virtual package provided by libc6-udeb
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- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not armel, armhf, i386, mipsel]
- libreria di supporto a GCC
- dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
- dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]
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- dep: libstdc++6 (>= 11)
- libreria GNU Standard C++, versione 3
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- dep: python3
- interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
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- dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)
- libreria di compressione - runtime
-
- rec: parallel
- crea ed esegue righe di comando dallo standard input in parallelo
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- rec: python3-pil
- Python Imaging Library (Python3)
Download last-align
| Architecture | Version | Package Size | Installed Size | Files |
|---|---|---|---|---|
| amd64 | 1447-1+b1 | 2,512.1 kB | 27,024.0 kB | [list of files] |
| arm64 | 1447-1+b1 | 722.5 kB | 3,791.0 kB | [list of files] |
| armel | 1447-1+b1 | 668.9 kB | 3,675.0 kB | [list of files] |
| armhf | 1447-1+b1 | 658.5 kB | 2,723.0 kB | [list of files] |
| i386 | 1447-1+b1 | 3,890.9 kB | 32,226.0 kB | [list of files] |
| mips64el | 1447-1+b1 | 770.4 kB | 4,886.0 kB | [list of files] |
| mipsel | 1447-1+b1 | 731.2 kB | 4,846.0 kB | [list of files] |
| ppc64el | 1447-1+b1 | 823.9 kB | 4,879.0 kB | [list of files] |
| s390x | 1447-1+b1 | 762.4 kB | 4,331.0 kB | [list of files] |