Pakiet: last-align (1609-1 i inne)

[ Pakiet źródłowy: last-align  ]

Porównywanie sekwencji biologicznych w skali genomu

LAST jest oprogramowaniem służącym do porównywania i dopasowywania sekwencji, zazwyczaj DNA lub białek. LAST jest podobny do programu BLAST, ale lepiej radzi sobie z bardzo dużymi ilościami danych sekwencyjnych. Poniżej wymieniono dwie czynności, w których LAST dobrze się spisuje:

 * Porównywanie dużych genomów (np. u ssaków).
 * Odwzorowywanie wielu znaczników sekwencji z genomu.

Główna innowacja techniczna polega na tym, że LAST wyszukuje wstępne dopasowania na podstawie liczby ich wystąpień zamiast używania stałego rozmiaru (np. BLAST używa 10 mer). LAST pozwala na pojedyncze odwzorowywanie znaczników z genomów bez konieczności wielokrotnego maskowania oraz przeciążania programu powtarzającymi się wynikami. Do wyszukiwania tych zmiennorozmiarowych dopasowań wykorzystuje tablicę sufiksów (inspirowaną na Vmatch). Aby osiągnąć wysoką czułość wykorzystuje tablicę sufiksów niesąsiadujących, analogicznie do rozmieszczania nasion.

Znaczniki: Biologia: Kwasy nukleinowe, Dziedzina: Biologia, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, Rola: Program

Inne pakiety związane z last-align

• dep: libc6 (>= 2.29) [x32]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.38) [nie alpha, ia64, loong64, sh4, x32]

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64, sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nie alpha, hppa, ia64, m68k, riscv64, sh4, sparc64]

  Biblioteka wspomagająca GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64, sh4]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [nie x32]

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

  dep: libstdc++6 (>= 6) [x32]

• dep: libunwind8 [ia64]

  Biblioteka do ustalania łańcucha wywołań programu - środowisko uruchomieniowe

• dep: python3 [nie x32]

  Interaktywny, wysokopoziomowy i obiektowy język programowania (domyślna wersja Python 3)

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [nie hppa, m68k, sh4]

  Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [hppa, m68k, sh4]

• rec: parallel

  build and execute command lines from standard input in parallel

• rec: python3 [x32]

  Interaktywny, wysokopoziomowy i obiektowy język programowania (domyślna wersja Python 3)

• rec: python3-pil

  Biblioteka obrazowania w Pythonie (Python 3)

Pobieranie last-align

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	1609-1	768,3 KiB	2 917,0 KiB	[lista plików]
amd64	1609-1+b1	1 788,9 KiB	15 312,0 KiB	[lista plików]
arm64	1609-1+b1	705,9 KiB	2 399,0 KiB	[lista plików]
hppa (port nieoficjalny)	1608-1	765,0 KiB	2 424,0 KiB	[lista plików]
ia64 (port nieoficjalny)	1542-1	901,5 KiB	4 395,0 KiB	[lista plików]
loong64 (port nieoficjalny)	1609-1	762,4 KiB	2 718,0 KiB	[lista plików]
m68k (port nieoficjalny)	1608-1	725,3 KiB	2 849,0 KiB	[lista plików]
mips64el	1609-1+b1	739,6 KiB	2 977,0 KiB	[lista plików]
ppc64 (port nieoficjalny)	1609-1	772,1 KiB	3 039,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	1609-1+b1	796,9 KiB	2 976,0 KiB	[lista plików]
riscv64	1609-1+b1	762,3 KiB	2 020,0 KiB	[lista plików]
s390x	1609-1+b1	834,2 KiB	2 823,0 KiB	[lista plików]
sh4 (port nieoficjalny)	1608-1	837,8 KiB	2 585,0 KiB	[lista plików]
sparc64 (port nieoficjalny)	1609-1	686,9 KiB	6 829,0 KiB	[lista plików]
x32 (port nieoficjalny)	1179-1	781,3 KiB	4 097,0 KiB	[lista plików]