Package: kraken (1.1.1-4 and others)

[ Source: kraken  ]

assegnazione di etichette tassonomiche a sequenze corte di DNA

Kraken è un sistema per assegnare etichette tassonomiche a sequenze corte di DNA, solitamente ottenute tramite studi metagenomici. Tentativi precedenti da parte di altri software di bioinformatica di compiere questo compito spesso hanno usato tecniche di allineamento delle sequenze o di apprendimento macchina che erano piuttosto lente, portando allo sviluppo di programmi di stima dell'abbondanza meno sensibili, ma molto più veloci. Kraken ha lo scopo di raggiungere alta sensibilità e alta velocità usando allineamenti esatti di k-meri e un nuovo algoritmo di classificazione.

Nella sua modalità operativa più veloce, per un metagenoma simulato di letture di 100 pb, Kraken ha elaborato più di 4 milioni di letture al minuto su un singolo core, oltre 900 volte più veloce di Megablast e oltre 11 volte più veloce del programma di stima dell'abbondanza MetaPhlAn. L'accuratezza di Kraken è confrontabile con Megablast, con una sensibilità leggermente inferiore e una precisione molto alta.

Other Packages Related to kraken

• dep: jellyfish1

  conta i k-meri in sequenze di DNA

• dep: libc6 (>= 2.24) [sh4]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.3.4) [m68k]

  dep: libc6 (>= 2.34) [not alpha, arm64, ia64, loong64, m68k, sh4]

  dep: libc6 (>= 2.37) [loong64]

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]

• dep: libc6.1 (>= 2.33) [alpha]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.35) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not hppa, ia64, m68k, sh4]

  libreria di supporto a GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  libreria di supporto a GCC

• dep: libgcc1 (>= 1:4.2) [sh4]

  Package not available

• dep: libgcc2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Package not available

• dep: libgomp1 (>= 4.9) [m68k, sh4]

  libreria di supporto GOMP (GCC OpenMP)

  dep: libgomp1 (>= 6) [not m68k, sh4]

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [loong64, riscv64]

  libreria GNU Standard C++, versione 3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [arm64]

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [not arm64, loong64, riscv64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  libreria per tracciare la catena di chiamate di un programma - runtime

Download kraken

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	1.1.1-4	736.2 kB	1,773.0 kB	[list of files]
amd64	1.1.1-4	734.8 kB	1,531.0 kB	[list of files]
arm64	1.1.1-4+b1	729.5 kB	1,708.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	1.1.1-4	739.1 kB	1,530.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	1.1.1-4	749.9 kB	1,700.0 kB	[list of files]
loong64 (unofficial port)	1.1.1-4	730.2 kB	1,533.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	0.10.5~beta-4	721.8 kB	1,440.0 kB	[list of files]
mips64el	1.1.1-4	736.3 kB	1,789.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	1.1.1-4	736.9 kB	1,771.0 kB	[list of files]
ppc64el	1.1.1-4	735.8 kB	1,771.0 kB	[list of files]
riscv64	1.1.1-4+b1	734.2 kB	1,460.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	0.10.5~beta-4	729.3 kB	1,416.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	1.1.1-4	728.4 kB	7,416.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	1.1.1-4	734.8 kB	1,497.0 kB	[list of files]