Package: kraken (1.1.1-2)

[ Source: kraken  ]

assegnazione di etichette tassonomiche a sequenze corte di DNA

Kraken è un sistema per assegnare etichette tassonomiche a sequenze corte di DNA, solitamente ottenute tramite studi metagenomici. Tentativi precedenti da parte di altri software di bioinformatica di compiere questo compito spesso hanno usato tecniche di allineamento delle sequenze o di apprendimento macchina che erano piuttosto lente, portando allo sviluppo di programmi di stima dell'abbondanza meno sensibili, ma molto più veloci. Kraken ha lo scopo di raggiungere alta sensibilità e alta velocità usando allineamenti esatti di k-meri e un nuovo algoritmo di classificazione.

Nella sua modalità operativa più veloce, per un metagenoma simulato di letture di 100 pb, Kraken ha elaborato più di 4 milioni di letture al minuto su un singolo core, oltre 900 volte più veloce di Megablast e oltre 11 volte più veloce del programma di stima dell'abbondanza MetaPhlAn. L'accuratezza di Kraken è confrontabile con Megablast, con una sensibilità leggermente inferiore e una precisione molto alta.

Other Packages Related to kraken

• dep: jellyfish1

  conta i k-meri in sequenze di DNA

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.7) [not amd64, arm64, ppc64el]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not armel, armhf, i386]

  libreria di supporto a GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386]

• dep: libgomp1 (>= 6)

  libreria di supporto GOMP (GCC OpenMP)

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  libreria GNU Standard C++, versione 3

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Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	736.7 kB	1,532.0 kB	[list of files]
arm64	730.6 kB	1,492.0 kB	[list of files]
armel	728.6 kB	1,462.0 kB	[list of files]
armhf	729.8 kB	1,418.0 kB	[list of files]
i386	743.1 kB	1,542.0 kB	[list of files]
mips64el	737.3 kB	1,558.0 kB	[list of files]
ppc64el	736.7 kB	1,772.0 kB	[list of files]
s390x	730.5 kB	1,508.0 kB	[list of files]