Balík: kraken (1.1.1-4 a iné)

[ Zdroj: kraken  ]

assigning taxonomic labels to short DNA sequences

Kraken is a system for assigning taxonomic labels to short DNA sequences, usually obtained through metagenomic studies. Previous attempts by other bioinformatics software to accomplish this task have often used sequence alignment or machine learning techniques that were quite slow, leading to the development of less sensitive but much faster abundance estimation programs. Kraken aims to achieve high sensitivity and high speed by utilizing exact alignments of k-mers and a novel classification algorithm.

In its fastest mode of operation, for a simulated metagenome of 100 bp reads, Kraken processed over 4 million reads per minute on a single core, over 900 times faster than Megablast and over 11 times faster than the abundance estimation program MetaPhlAn. Kraken's accuracy is comparable with Megablast, with slightly lower sensitivity and very high precision.

Ostatné balíky súvisiace s balíkom kraken

• dep: jellyfish1

  count k-mers in DNA sequences

• dep: libc6 (>= 2.24) [sh4]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.3.4) [m68k]

  dep: libc6 (>= 2.34) [nie alpha, arm64, ia64, m68k, sh4]

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]

• dep: libc6.1 (>= 2.33) [alpha]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.35) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nie hppa, ia64, m68k, sh4]

  podporná knižnica GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  podporná knižnica GCC

• dep: libgcc1 (>= 1:4.2) [sh4]

  Balík nie je dostupný

• dep: libgcc2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Balík nie je dostupný

• dep: libgomp1 (>= 4.9) [m68k, sh4]

  podporná knižnica GCC OpenMP (GOMP)

  dep: libgomp1 (>= 6) [nie m68k, sh4]

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [riscv64]

  štandardná knižnica C++ GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [arm64]

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [nie arm64, riscv64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  nnižnica na určenie na určenie postupnosti volania programu - dynamické súbory

Stiahnuť kraken

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Verzia	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
alpha (neoficiálny port)	1.1.1-4	736.2 kB	1,773.0 kB	[zoznam súborov]
amd64	1.1.1-4	734.8 kB	1,531.0 kB	[zoznam súborov]
arm64	1.1.1-4+b1	729.5 kB	1,708.0 kB	[zoznam súborov]
hppa (neoficiálny port)	1.1.1-4	739.1 kB	1,530.0 kB	[zoznam súborov]
ia64 (neoficiálny port)	1.1.1-4	749.9 kB	1,700.0 kB	[zoznam súborov]
m68k (neoficiálny port)	0.10.5~beta-4	721.8 kB	1,440.0 kB	[zoznam súborov]
mips64el	1.1.1-4	736.3 kB	1,789.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64 (neoficiálny port)	1.1.1-4	736.9 kB	1,771.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64el	1.1.1-4	735.8 kB	1,771.0 kB	[zoznam súborov]
riscv64	1.1.1-4+b1	734.2 kB	1,460.0 kB	[zoznam súborov]
sh4 (neoficiálny port)	0.10.5~beta-4	729.3 kB	1,416.0 kB	[zoznam súborov]
sparc64 (neoficiálny port)	1.1.1-4	728.4 kB	7,416.0 kB	[zoznam súborov]
x32 (neoficiálny port)	1.1.1-4	734.8 kB	1,497.0 kB	[zoznam súborov]