Package: jellyfish1 (1.1.11-10 and others)

[ Source: jellyfish1  ]

conta i k-meri in sequenze di DNA

JELLYFISH è uno strumento per contare in modo veloce ed efficiente in termini di memoria i k-meri nel DNA. Un k-mero è una sottostringa di lunghezza k, e contare le occorrenze di tutte queste sottostringhe è un passo fondamentale in molte analisi delle sequenze del DNA. JELLYFISH può contare i k-meri usando una quantità di memoria un ordine di grandezza più piccola e una velocità di un ordine di grandezza più grande di quelle degli altri pacchetti per il conteggio dei k-meri, grazie all'uso di una codifica efficiente di una tabella hash e sfruttando l'istruzione "compare-and-swap" della CPU per aumentare il parallelismo.

JELLYFISH è un programma a riga di comando che legge file FASTA e multi-FASTA contenenti sequenze di DNA. Produce in output il suo conteggio dei k-meri in formato binario, che può essere tradotto in testo intelligibile usando il comando "jellyfish dump".

Questa è la versione più recente della serie 1.x di jellyfish che è utilizzata da alcune altre applicazioni che non sono compatibili con la versione 2.x, che è fornita nel pacchetto jellyfish.

Other Packages Related to jellyfish1

• dep: libc6 (>= 2.33) [ppc64, sparc64, x32]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.38) [not alpha, ia64, ppc64, sparc64, x32]

• dep: libc6.1 (>= 2.33) [alpha]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not alpha, hppa, ia64, riscv64, sparc64]

  libreria di supporto a GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  libreria di supporto a GCC

• dep: libstdc++6 (>= 11) [alpha, ppc64, sparc64, x32]

  libreria GNU Standard C++, versione 3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [not alpha, ppc64, sparc64, x32]

• dep: libunwind8 [ia64]

  libreria per tracciare la catena di chiamate di un programma - runtime

• enh: kraken

  assegnazione di etichette tassonomiche a sequenze corte di DNA

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Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	1.1.11-7	134.2 kB	719.0 kB	[list of files]
amd64	1.1.11-10	137.3 kB	660.0 kB	[list of files]
arm64	1.1.11-10	129.9 kB	684.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	1.1.11-10	156.0 kB	678.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	1.1.11-9	148.7 kB	939.0 kB	[list of files]
mips64el	1.1.11-10	131.9 kB	774.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	1.1.11-7	136.8 kB	748.0 kB	[list of files]
ppc64el	1.1.11-10	137.3 kB	748.0 kB	[list of files]
riscv64	1.1.11-10	124.2 kB	584.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	1.1.11-7	120.6 kB	644.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	1.1.11-7	134.5 kB	615.0 kB	[list of files]