Пакунок: kraken (1.1.1-4 and others)

[ Source: kraken  ]

assigning taxonomic labels to short DNA sequences

Kraken is a system for assigning taxonomic labels to short DNA sequences, usually obtained through metagenomic studies. Previous attempts by other bioinformatics software to accomplish this task have often used sequence alignment or machine learning techniques that were quite slow, leading to the development of less sensitive but much faster abundance estimation programs. Kraken aims to achieve high sensitivity and high speed by utilizing exact alignments of k-mers and a novel classification algorithm.

In its fastest mode of operation, for a simulated metagenome of 100 bp reads, Kraken processed over 4 million reads per minute on a single core, over 900 times faster than Megablast and over 11 times faster than the abundance estimation program MetaPhlAn. Kraken's accuracy is comparable with Megablast, with slightly lower sensitivity and very high precision.

Інші пакунки пов'язані з kraken

• dep: jellyfish1

  count k-mers in DNA sequences

• dep: libc6 (>= 2.24) [sh4]

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.3.4) [m68k]

  dep: libc6 (>= 2.34) [not alpha, arm64, ia64, m68k, sh4]

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]

• dep: libc6.1 (>= 2.33) [alpha]

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.35) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not hppa, ia64, m68k, sh4]

  Допоміжна бібліотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Допоміжна бібліотека GCC

• dep: libgcc1 (>= 1:4.2) [sh4]

  Пакунок недоступний

• dep: libgcc2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Пакунок недоступний

• dep: libgomp1 (>= 4.9) [m68k, sh4]

  Підтримувальна бібліотека GCC OpenMP (GOMP)

  dep: libgomp1 (>= 6) [not m68k, sh4]

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [riscv64]

  Стандартна бібліотека C++ GNU, версії 3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [arm64]

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [not arm64, riscv64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

Завантажити kraken

Завантаження для всіх доступних архітектур

Архітектура	Версія	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
alpha (unofficial port)	1.1.1-4	736.2 kB	1,773.0 kB	[список файлів]
amd64	1.1.1-4	734.8 kB	1,531.0 kB	[список файлів]
arm64	1.1.1-4+b1	729.5 kB	1,708.0 kB	[список файлів]
hppa (unofficial port)	1.1.1-4	739.1 kB	1,530.0 kB	[список файлів]
ia64 (unofficial port)	1.1.1-4	749.9 kB	1,700.0 kB	[список файлів]
m68k (unofficial port)	0.10.5~beta-4	721.8 kB	1,440.0 kB	[список файлів]
mips64el	1.1.1-4	736.3 kB	1,789.0 kB	[список файлів]
ppc64 (unofficial port)	1.1.1-4	736.9 kB	1,771.0 kB	[список файлів]
ppc64el	1.1.1-4	735.8 kB	1,771.0 kB	[список файлів]
riscv64	1.1.1-4+b1	734.2 kB	1,460.0 kB	[список файлів]
sh4 (unofficial port)	0.10.5~beta-4	729.3 kB	1,416.0 kB	[список файлів]
sparc64 (unofficial port)	1.1.1-4	728.4 kB	7,416.0 kB	[список файлів]
x32 (unofficial port)	1.1.1-4	734.8 kB	1,497.0 kB	[список файлів]