Package: kraken (1.1.1-4 and others)

[ Source: kraken  ]

assegnazione di etichette tassonomiche a sequenze corte di DNA

Kraken è un sistema per assegnare etichette tassonomiche a sequenze corte di DNA, solitamente ottenute tramite studi metagenomici. Tentativi precedenti da parte di altri software di bioinformatica di compiere questo compito spesso hanno usato tecniche di allineamento delle sequenze o di apprendimento macchina che erano piuttosto lente, portando allo sviluppo di programmi di stima dell'abbondanza meno sensibili, ma molto più veloci. Kraken ha lo scopo di raggiungere alta sensibilità e alta velocità usando allineamenti esatti di k-meri e un nuovo algoritmo di classificazione.

Nella sua modalità operativa più veloce, per un metagenoma simulato di letture di 100 pb, Kraken ha elaborato più di 4 milioni di letture al minuto su un singolo core, oltre 900 volte più veloce di Megablast e oltre 11 volte più veloce del programma di stima dell'abbondanza MetaPhlAn. L'accuratezza di Kraken è confrontabile con Megablast, con una sensibilità leggermente inferiore e una precisione molto alta.

Other Packages Related to kraken

• dep: jellyfish1

  conta i k-meri in sequenze di DNA

• dep: libc6 (>= 2.34) [not arm64]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  libreria di supporto a GCC

• dep: libgomp1 (>= 6)

  libreria di supporto GOMP (GCC OpenMP)

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [riscv64]

  libreria GNU Standard C++, versione 3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [arm64]

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [not arm64, riscv64]

Download kraken

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
amd64	1.1.1-4	734.8 kB	1,531.0 kB	[list of files]
arm64	1.1.1-4+b1	729.5 kB	1,708.0 kB	[list of files]
mips64el	1.1.1-4	736.3 kB	1,789.0 kB	[list of files]
ppc64el	1.1.1-4	735.8 kB	1,771.0 kB	[list of files]
riscv64	1.1.1-4+b1	734.2 kB	1,460.0 kB	[list of files]