Package: kraken (1.1.1-4 and others)

[ Source: kraken  ]

Tildeling af taksonomiske etiketter til korte DNA-sekvenser

Kraken er et system til tildeling af taksonomiske etiketter til korte DNA- sekvenser, normalt indhentet via metagenomiske studier. Tidligere forsøg fra andre bioinformatikprogrammer på at fuldføre denne opgave har ofte brugt sekvenssammenligning eller maskinindlæringsteknikker, som var ret så langsomme, hvilket førte til udviklingen af mindre sensitive men meget hurtigere programmer for overflodsestimering. Kraken forsøger at opnå høj sensitivitet og høj hastighed ved at udnytte præcise sammenligninger af k- mers og en ny klassifikationsalgoritme.

I sin hurtigste operationstilstand, for et simuleret metagenom for 100 bp- læsninger, behandlede Kraken over 4 millioner læsninger per minut på en enkel kerne, over 900 gange hurtigere end Megablast og over 11 gange hurtigere end overflodsestimeringsprogrammet MetaPhlAn. Krakens præcision er sammenlignelig med Megablast, med en smule mindre sensitivitet og meget høj præcision.

Other Packages Related to kraken

• dep: jellyfish1

  Tæl k-mers i DNA-sekvenser

• dep: libc6 (>= 2.24) [sh4]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.3.4) [m68k]

  dep: libc6 (>= 2.34) [not alpha, arm64, ia64, loong64, m68k, sh4]

  dep: libc6 (>= 2.37) [loong64]

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]

• dep: libc6.1 (>= 2.33) [alpha]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.35) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not hppa, ia64, m68k, sh4]

  GCC støttebibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC støttebibliotek

• dep: libgcc1 (>= 1:4.2) [sh4]

  Package not available

• dep: libgcc2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Package not available

• dep: libgomp1 (>= 4.9) [m68k, sh4]

  GCC OpenMP-understøttelsesbibliotek (GOMP)

  dep: libgomp1 (>= 6) [not m68k, sh4]

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [loong64, riscv64]

  GNU Standard C++ bibliotek v3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [arm64]

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [not arm64, loong64, riscv64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  Bibliotek til at bestemme call-chain for et program - kørselstid

Download kraken

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	1.1.1-4	736.2 kB	1,773.0 kB	[list of files]
amd64	1.1.1-4	734.8 kB	1,531.0 kB	[list of files]
arm64	1.1.1-4+b1	729.5 kB	1,708.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	1.1.1-4	739.1 kB	1,530.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	1.1.1-4	749.9 kB	1,700.0 kB	[list of files]
loong64 (unofficial port)	1.1.1-4	730.2 kB	1,533.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	0.10.5~beta-4	721.8 kB	1,440.0 kB	[list of files]
mips64el	1.1.1-4	736.3 kB	1,789.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	1.1.1-4	736.9 kB	1,771.0 kB	[list of files]
ppc64el	1.1.1-4	735.8 kB	1,771.0 kB	[list of files]
riscv64	1.1.1-4+b1	734.2 kB	1,460.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	0.10.5~beta-4	729.3 kB	1,416.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	1.1.1-4	728.4 kB	7,416.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	1.1.1-4	734.8 kB	1,497.0 kB	[list of files]